Гермоген и Василий Шуйский старались: один — усовестить, другой — устрашить восставших. Но часть страны отказывалась подчиниться боярскому царю. Огромная армия Ивана Ивановича Шуйского безуспешно осаждала Калугу. Отразив приступ, Болотников ежедневными вылазками уничтожал осаждавших, почти не неся потерь. Поставленные во главе армии ближние родичи царя не могли сравниться в разуме с вождём восстания. Деревянный город под его руководством стал неприступной крепостью. Принявшие повстанцев калужане имели хороший запас продовольствия, а снабжение царской армии было затруднено. Потери от вылазок росли. Пассивная осада вела к поражению. В мае 1607 г. на помощь Калуге пришел самозваный "царевич Петр" (терский казак Илья Муромец). Карательная армия была разгромлена. Царские полки бежали, бросая оружие и припасы.
Патриарх Гермоген как будто предвидел такое развитие событий. Ещё со 2 февраля 1607 г. святейший с Освященным собором готовился к невиданному мероприятию — разрешению русского народа от клятвопреступлений перед прежними государями: царём Борисом и его семьей (царевичем Фёдором, царицей Марией и царевной Ксенией), на верность которой присягали дважды (при воцарении Бориса и после его смерти), а также от нынешних клятвопреступлений и ложных клятв самозванцам. Это позволяло освободиться от прошлого (царевна Ксения была ещё жива и томилась в монастыре, куда ее заключил Лжедмитрий) и получить возможность канонично отлучать от Церкви будущих нарушителей присяги Шуйскому. Главную роль в церемонии должен был сыграть низвергнутый патриарх Иов, которого Гермоген в письме, посланном с Крутицким митрополитом Пафнутием, коленопреклоненно молил "учинить подвиг" и прибыть в Москву "для его государева и земского великого дела".
20 февраля москвичи, собранные к Успенскому собору двумя "памятями" Гермогена, по заранее составленному, обсужденному архиереями и утвержденному царем сценарию стали от имени "всенародного множества" молить Иова "всего мира о прегрешении". Старый и новый патриархи простили россиянам старые и новые клятвопреступления и призвали никогда больше не нарушать крестного целования[67]
. Гермоген получил возможность отлучать новых клятвопреступников. Но не торопился это делать, пока царские войска одерживали победы (на Вырке и у Серебряных Прудов) и была надежда обойтись без крайней душегубительной меры. Лишь когда восставшие сами перешли в наступление и разгромили полки Шуйского под Тулой, Дедиловом и на Пчельне, сняли осаду Калуги и приняли в своп ряды перебежчиков из "христолюбивого воинства", патриарх решился предать проклятию Болотникова и главных его соумышленников, оставляя остальным повстанцам церковный путь спасения.Гермоген считал отлучение мерой последней крайности, но положение и было отчаянным. Царские войска бежали в ужасе, говорили о 14 тысячах убитых, о гибели воевод, об измене 15 тысяч ратников, о том, что, если восставшие пойдут к Москве, столица сдастся без сопротивления. Шуйский дрожал, патриарх призывал всех подняться на врагов веры, велел монастырям открыть кладовые и высылать в армию всех людей, способных носить оружие, "даже чтобы самые иноки готовились сражаться за веру, когда потребует необходимость"[68]
. Бояре взбунтовались и потребовали, чтобы царь Василий сам повел войско или уходил в монастырь, чтобы они могли выбрать государя, способного защитить их имущество и семьи.Под давлением бояр и патриарха Шуйский избрал меньшее зло и согласился возглавить армию, собиравшуюся в поход под Тулу, где сосредоточились главные силы болотниковцев. По слухам, царь поклялся не возвращаться в Москву без победы или умереть на ноле брани. Но Гермоген не был уверен даже, что о выступлении Шуйского в поход следует объявлять, что тот не побежит от одних предвкушений опасности. Царь выступил 21 мая, патриарх разослал по стране грамоты о молитвах за успех государева и земского великого дела только в первых числах июня[69]
.Василий Шуйский делал ставку на дворянство. Государство брало на себя розыск всех подневольных людей, бежавших за 15 лет от дворян, пришедших на службу в Москву. Им жаловались земли и деньги, в том числе изъятые у монастырей. Неявившихся к царю ждали жестокие кары на земле и посмертные муки, щедро обещанные патриархом Гермогеном. Через две недели после разгрома под Калугой царь двинул на крестьян и холопов 100-тысячное ополчение дворян с их боевыми холопами, стрельцов и разнообразных "даточных людей". Болотников с 38-тысячным войском попытался обойти царскую армию, чтобы захватить Москву. В сражении на реке Восме близ Каширы восставшие были остановлены геми дворянскими полками, которые прежде были их союзниками.