Процесс разукрупнения епархий начался после принятия соответствующего решения Священным Синодом в мае 2011 года с учетом опыта такой реформы в Украинской Православной Церкви Московского Патриархата и в Белорусском Экзархате. За двенадцать лет первосвятительского служения Патриарха Кирилла учреждены 155 новых епархий, и на конец 2020 года их насчитывалось 314 (195 в Российской Федерации, 53 в Украинской Православной Церкви, 9 в РПЦЗ, 15 в Белорусском Экзархате, 6 в Православной Церкви Молдавии, 2 в Латвийской самоуправляемой Православной Церкви, 2 в Эстонской Православной Церкви, 9 в Митрополичьем округе в Казахстане, 3 епархии и одно благочиние в Среднеазиатском митрополичьем округе, по одной епархии на территории Литвы и Азербайджана, 3 в Японии, 13 в странах дальнего зарубежья, 1 епархия в Архиепископии западноевропейских приходов русской традиции). Число епископов возросло до 395 человек.
В октябре 2013 года на встрече со слушателями курсов повышения квалификации для новопоставленных епископов Русской Православной Церкви Патриарх сказал:
Епархии, расположенные в пределах одного субъекта Российской Федерации, стали объединяться в митрополии, принципы организации которых были заложены Поместным Собором 1917–1918 годов, принявшим в последний день работы определение «О церковных округах». К концу 2020 года в России имеется 59 митрополий.
Патриарший визит в Санкт— Петербургскую епархию. Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 30 мая 2011 г.
В докладе на совещании архиереев митрополий Русской Православной Церкви 30 января 2012 года Святейший охарактеризовал создание митрополий как
Совещание архиереев епархий, входящих в состав митрополий. 30 января 2012 г.
Глава митрополии оказывает содействие главам входящих в округ епархий в решении управленческих и пастырских вопросов, во взаимодействии с руководством региона. Этот принцип соблюдается на уровне епархиальных структур: отделы и комиссии митрополии призваны делиться своим опытом и осуществлять координацию в вопросах, касающихся всей митрополии. Особое значение имеет совместная реализация на территории митрополии решений Соборов и Священного Синода Русской Православной Церкви.
Роль митрополита и архиерейского совета митрополии — координирующая и надзорная. Все епископы митрополии равны и подчиняются непосредственно главе Церкви и Священному Синоду, но при этом митрополит наблюдает за исполнением во всех епархиях митрополии решений органов высшей церковной власти. К совместной компетенции всех епископов митрополии относятся вопросы финансирования, надзора и развития духовных школ на территории митрополии и церковные награды. К особой компетенции глав митрополий отнесены назначение военного духовенства и духовенства для окормления заключенных (что обусловлено необходимостью взаимодействия с властями субъекта Федерации или с федеральными властями) и информационная политика, предусматривающая наличие квалифицированных журналистских кадров.
Там, где создание новых епархий невозможно по каноническим причинам (например, в Москве на основании 8-го правила I Вселенского Собора об одном епископе в городе), были учреждены территориальные викариатства, главам которых — викарным епископам — правящий архиерей делегирует часть своих полномочий.
Приходская реформа, осуществляемая по инициативе Патриарха Кирилла, направлена на активизацию социальной и просветительской деятельности приходов и на повышение ответственности правящих архиереев и настоятелей. Всего в конце 2020 в Русской Православной Церкви насчитывалось 39 979 храмов или иных помещений, где совершается Божественная литургия. К середине 2021 года их число перевалило за 40 тысяч.