Вскоре после своей интронизации Святейший Патриарх Кирилл при деятельном участии Священного Синода приступил к оптимизации высшего церковного управления. Она осуществляется на основе двух взаимосвязанных принципов — соборности и иерархичности:
Реформа центральных органов церковного управления началась на заседании Священного Синода 31 марта 2009 года, когда была реорганизована деятельность Управления делами Московской Патриархии, уточнена сфера ответственности Отдела внешних церковных связей. Тогда же были созданы Синодальные отделы по взаимоотношениям Церкви и общества, а также Синодальный информационный отдел, в дальнейшем преобразованные в единый Синодальный отдел по взаимоотношениям с обществом и СМИ. Было создано Управление Московской Патриархии по зарубежным учреждениям, Финансово-хозяйственное управление, Издательский совет Русской Православной Церкви.
Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 31 марта 2009 г.
В 2010 году образованы Синодальные отделы по тюремному служению, по монастырям и монашеству (до 15 марта 2012 года Комиссия по делам монастырей), Комитет по взаимодействию с казачеством, Патриарший совет по культуре, началась активная деятельность церковного суда.
В марте 2011 года по решению Священного Синода был образован Высший Церковный Совет Русской Православной Церкви — исполнительный орган при Патриархе Московском и всея Руси и Священном Синоде для координации деятельности синодальных и иных общецерковных учреждений, выработки решений, обеспечения мер к исполнению определений Поместных и Архиерейских Соборов, постановлений и определений Священного Синода, указов и распоряжений Патриарха в области образования, просвещения, миссии, церковного социального служения, информационной деятельности, взаимоотношений Церкви с государством и обществом, Поместными Православными Церквами, инославными конфессиями и нехристианскими религиями, в сфере управления и хозяйствования.
Заседание Священного Синода Русской Православной Церкви. 22 марта 2011 г.
Первое заседание Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви. 14 апреля 2011 г.
В Высший Церковный Совет (ВЦС) вошли руководители синодальных учреждений. Выступая на первом заседании ВЦС, Патриарх Кирилл подчеркнул, что новый орган управления создан как