Конституция окончательно была утверждена в октябре 1907 года. По ней власть монарха была ограничена меджлисом. Парламент принимал законы и бюджет и мог контролировать их исполнение. Шахиншах мог только временно приостанавливать действие принятого меджлисом закона. Особые статьи конституции запрещали предоставление концессий, заключение займов, соглашений и договоров с иностранными государствами без согласия меджлиса. Устанавливался принцип разделения властей и принцип ответственности правительства перед меджлисом. Провозглашались: неприкосновенность личности, собственности, жилища и тайна частной переписки. Объявлялась свобода печати, образования, союзов, если они не противоречат исламу. Планировалось создание комиссии из пяти авторитетных духовных лиц, которая могла отменять любые решения меджлиса, если они противоречили шариату.
После принятия конституции либералы сочли революцию успешно завершенной и решили, что теперь союз шахиншаха и меджлиса будет проводить реформы. Но не так думал Мухаммад Али-шах. В декабре 1907 года он попытался совершить переворот. На защиту меджлиса поднялись анджоманы Тебриза, Решта, Казвина, Мешхеда и Шираза, обещая вооруженную помощь. В телеграммах тебризского анджомана заявлялось, что там более не признают власть Мухаммада Али. Декабрьский кризис завершился взаимными уверениями в лояльности и клятвами на Коране.
15 февраля 1908 года в кортеж Мухаммад Али-шаха была брошена бомба, но он при взрыве не пострадал. В июне шахиншах тайно покинул столицу и укрылся в загородном дворце Багешах. А 23 июня 1908 года верная монарху персидская казачья бригада под командованием полковника Ляхова вошла в Тегеран и атаковала меджлис. Бригадная артиллерия расстреляла из пушек здание меджлиса и мечеть Сапахсалара, где укрепились отряды ополченцев – добровольных защитников парламента. Несколько сотен человек было убито, множество депутатов арестовано и доставлено в Багешах на расправу.
Были повешены: редактор газеты «Суре Исрафил» мирза Джехангир и популярный оратор Малек-эль-Мотакаллемин. Многие другие депутаты были закованы в кандалы и надолго брошены в застенки Багешаха. Меджлис был распущен, а вместо него образован государственный совет. Все члены этого госсовета назначались шахиншахом.
После переворота в столице началось восстание в Тебризе. Город разделился на две части. С июля к Тебризу стали стягиваться войска и отряды кочевых племен. К октябрю руководству восстания во главе с Саттар-ханом удалось превратить отдельные отряды в повстанческую армию. После четырех месяцев уличных боев и двух отбитых штурмов, повстанцы полностью стали контролировать Тебриз.
Местный анджоман заявил иностранным представителям, что будет выполнять функции меджлиса, пока тот не будет восстановлен в Тегеране. В феврале 1909 года правительственные войска блокировали дороги, ведущие в Тебриз. В мятежном городе начался голод. И хотя новый штурм был отражен, Саттар-хан начал переговоры. Восставшие требовали восстановления конституции и меджлиса, полной амнистии и отхода войск от города. Мухаммад Али-шах отверг эти требования, затем согласился на недельное перемирие, которое сам и нарушил.
А пока он занимался Тебризом, повстанцы овладели Рештом и другими городами Гиляна. Губернатор Гиляна был убит, и власть в феврале перешла к гилянскому областному анджоману. Тем временем, под предлогом защиты иностранных граждан в осажденном городе, в Иранский Азербайджан вошли российские войска. 29 апреля они заняли Ардебиль и Тебриз. Это означало конец тебризского восстания, но вместе с тем предотвращало погром, который учинили бы шахиншахские войска, и снимало угрозу голода. По разблокированной дороге со стороны Джульфы в Тебриз стало поступать продовольствие.
Весной 1909 года отряды из Гиляна выступили в поход на Тегеран. Одновременно бахтиарские ханы во главе с Самсамом осСолтане захватили Исфахан и потребовали восстановления конституции. В начале июля гилянские отряды и конница бахтиар соединились под Тегераном. После двухдневных боев с персидской казачьей бригадой, они 13 июля вступили в столицу. Мухаммад Али-шах и его приближенные скрылись в российском посольстве.
16 июля собрался чрезвычайный национальный совет из руководителей повстанческих отрядов, бывших министров и депутатов расстрелянного меджлиса. Этот совет низложил Мухаммада Али и передал престол его 14-летнему сыну Ахмаду. Регентом при малолетнем шахиншахе был назначен старейший каджарский принц Азад аль-Мульк.
Было образовано временное правительство, в котором бахтиарские ханы получили посты военного министра и министра внутренних дел, а премьер-министром стал руководитель гилянского восстания Сепахдар.