18 февраля 1405 года Тимур скончался. Как только об этом узнали в Египте, Ахмада Гийас ад-дина и Кара-Йусуфа немедленно освободили из тюрьмы. Оба начали созывать своих вассалов. Но если к Ахмаду присоединились немногие, то Кара-Йусуфу удалось собрать огромную армию. Осенью 1406 года Кара-Йусуф разбил войско тимуридского полководца Абу Бакра. Затем 21 апреля 1408 года, в битве при Сардруде, войска Кара-Коюнлу разгромили тимуридскую армию. В этом сражении погиб Мираншах. Кара-Йусуф занял Тебриз и Южный Азербайджан.
Джалаиридский султан Ахмад в 1410 году, когда Кара-Йусуф был занят войной с Ак-Коюнлу, попытался овладеть Тебризом. Узнав об этом, Кара-Йусуф двинул войска Кара-Коюнлу в Азербайджан. 29 августа в сражении у Шанб-и Газана джалаиридское войско было разбито и рассеяно. Ахмад попытался спастись бегством. Но какой-то воин, не узнав султана, ранил его, свалил с коня, ограбил и раздел. Бывший повелитель, босой и в одной рубашке, спрятался в пригородном саду. Хозяин сада, башмачник из Тебриза, быстро обнаружил его. Ахмад умолял башмачника не выдавать его, но тот доложил обо всем Кара-Йусуфу. Последний заставил своего бывшего союзника подписать фирман о переходе власти к династии Кара-Йусуфа. После чего, 31 августа 1410 года султан Ахмад Гийас ад-дин и его сын Ала ад-даула были задушены.
После гибели Ахмада власть в Багдаде захватил его племянник Шах-Валад. Через полгода его жена Танду убила мужа, и провозгласила султаном их малолетнего сына Махмуда. В апреле 1411 года после осады пал Багдад. Танду с сыновьями Шах-Валада уехала в Шуштер. Владения Джалаиридов постепенно переходили к Кара-Коюнлу. В 1415 году Танду умерла. Султаном в Шуштере после ее смерти стал другой сын Шах-Валада, Увайс II. Он несколько расширил владения Джалаиридов, а в 1417 году взял Басру.
В 1418 году Кара-Йусуф в битве при Калат ар-Руме нанес поражение правителю Ак-Коюнлу Кара-Юлюку Усману. Но против Кара-Коюнлу выступил султан Шах-Рух. В 1420 году Кара-Йусуф умер, и его сменил сын Искандар. Он продолжал войну с Ак-Коюнлу. В это время войска Шах-руха без боя заняли Тебриз. В мае 1421 года Искандар победил Ак-Коюнлу и обратился против Тимуридов. Уже в августе 1421 года произошло решительное сражение в Алашкертской долине. Шах-Рух одержал полную победу, но осенью того же года оставил Азербайджан. Искандар вернулся в Тебриз, а его брат Джихан-шах правил в Султании.
В том же 1421 году в войне с Тимуридами погиб султан Увайс II. Сначала ему наследовал брат Мухаммад, но в следующем году престол вторично занял Махмуд. В 1427 году и он был свергнут, и на трон воссел сын Ала-ад-даулы Хусайн II.
В этом же году Искандар напал на владения Шах-Руха и захватил города Зенджан и Казвин. Воспользовавшись начавшейся войной, на Кара-Коюнлу напал Хусайн II и занял Мосул и Эрбиль. В 1429 году Шах-Рух вторгся в Азербайджан и нанес поражение армии Искандара в битве при Салмасе. Шах-Рух овладел крепостью Алинджа и зимовал в Карабахе. Он сохранил государство Кара-Коюнлу, но посадил на престол брата Искандара Абу Саида, признавшего себя вассалом Шах-Руха.
В мае 1430 года тимуридские войска покинули Азербайджан. Там немедленно появился Искандар, и началась междоусобная война. В ее результате Абу Саид был побежден и убит, а страна подверглась опустошению. В 1431 году Искандар вновь сел на трон. Он нанес поражение Хусайну II и осадил его в Хилле. После семимесячной осады город был взят в октябре 1431 года. Последний джалаиридский султан Хусайн II был взят в плен и казнен, а все земли Джалаиридов перешли к Кара-Коюнлу.
В 1434 году войска Искандара вторглись в Ширван и подвергли его опустошению. В ноябре того же года на помощь ширваншаху пришел Шах-Рух. Летом 1435 года войско Искандара было в третий раз разбито армией Шах-Руха. Падишах бежал к Эрзеруму, собрал там новое войско и напал с ним на союзника Шах-Руха, Кара-Юлюка. Ак-Коюнлу потерпело поражение, а Кара-Юлюк Усман вместе с одним из сыновей пал в сражении. После его смерти сыновья Али и Хамза поделили земли Ак-Коюнлу. Однако на ход войны эта победа влияния не оказала.
Осенью 1435 года Шах-рух снова занял Тебриз и посадил на престол Кара-Коюнлу другого брата Искандара, Джихан-шаха. Последний признал себя вассалом Тимуридов. Весной 1436 года Шах-Рух ушел из Азербайджана. Искандар еще раз попытался силой вернуть власть, но теперь был разбит Джихан-шахом и осажден в крепости Алинджа. Там в 1437 году сын Искандара, ШахКубад тайно вступил в связь с наложницей отца. А затем, по ее предложению, ночью зарезал пьяного падишаха в спальне, и голову Искандара преподнес Джихан-шаху.