Ак-Коюнлу в 1440-е годы было ослаблено междоусобицами, а по отношению к Шах-Руху Джихан-шах был лоялен. Все изменилось после кончины султана Шах-Руха в 1447 году. На престоле Тимуридов воссел сын Шах-Руха Улугбек. Но против него выступили племянники – сыновья его брата Байсонкура. Один из них – Бабур – стал править Хорасаном, а другой – Султан-Мухаммад завладел Мазендераном и Горганом. Самарканд захватил внук Миран-шаха и зять Улугбека, Абу Саид. А сын Улугбека Абд ал-Латиф утвердился в Балхе.
Осенью 1449 года в битве у Димишка войска Улугбека были разбиты армией Абд ал-Латифа. Улугбек сдался сыну и был умерщвлен по его приказу. Сам Абд ал-Латиф был убит в мае 1450 года заговорщиками.
Абу Саида победил внук Шах-Руха, Абдаллах-мирза. Последний стал султаном Мавераннахра. Абу Саид бежал к узбекскому хану Абу-л-Хайру. В 1451 году узбеки вторглись в Мавераннахр и взяли Самарканд. Абдаллах-мирза был убит, а на трон опять сел Абу Саид. В том же году Бабур Абу-л-Касим напал на своего брата Султан-Мухаммада, захватил его и ликвидировал. После чего началась борьба между Бабуром и Абу Саидом.
Воспользовавшись междоусобицами среди Тимуридов, падишах Кара-Коюнлу Джихан-шах к 1453 году завоевал Фарс и весь Западный Иран. К этому времени внук Кара-Юлюка, Узун-Хасан победил своих родственников и объединил под своей властью все земли Ак-Коюнлу.
Правивший в Герате Бабур проводил время в пьяных оргиях. В результате он спился и умер в 1457 году. Его сын Шах-Махмуд не смог сдержать натиска Кара-Коюнлу, захвативших Горган и Хорасан. В июне 1458 года Джихан-шах занял Герат. Шах-Махмуда сверг Абу Саид и он предложил Джихан-шаху оставить земли Тимуридов. Учтя начавшееся восстание в Азербайджане его сына Хасана Али и нападения с запада Ак-Коюнлу, Джихан-шах в 1459 году заключил мир с Абу Саидом. Оставив Герат и Хорасан, Джихан-шах вернулся в Азербайджан и подавил восстание Хасана Али.
В 1460-х годах развернулась борьба между Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу. В мае 1467 года на Мушской равнине в Армении произошло решительное сражение. Войско Кара-Коюнлу потерпело поражение от Ак-Коюнлу и понесло большие потери. Войска Узун-Хасана преследовали Джихан-шаха, отступавшего в Азербайджан. Около Чубукджура Джихан-шах с отрядом остановился на ночлег в ущелье. Войска Узун-Хасана напали на этот отряд. Захваченные врасплох чернобаранные не могли оказать достойного сопротивления. Семидесятилетний Джихан-шах только успел одеться и сесть на коня, как воины УзунХасана окружили его. Падишах закричал, чтобы его не убивали, а брали в плен. Но белобаранные свалили его с коня и отрубили голову.
После гибели старого падишаха на престол Кара-Коюнлу стали претендовать два его сына: Хасан Али и Хусайн Али. Последний, непопулярный у знати дервиш, был очень скоро убит. Хасан Али собрал огромное войско, но весной 1468 года Узун-Хасан разбил его. Ак-Коюнлу заняли Азербайджан и Карабах. Хасан Али вскоре был убит, а подчинявшиеся ему племена большей частью присоединились к Ак-Коюнлу.
На подмогу Хасану Али отправился султан Абу Саид. Но он выступил из Хорасана только в июле 1468 года, когда Кара-Коюнлу было уже разгромлено. В Азербайджан тимуридская армия прибыла осенью. Абу Саид решил провести зиму на побережье Каспийского моря. Но в Муганской степи по какой-то причине в тимуридском войске начался падеж лошадей. Длинный Хасан блокировал татар у берега и перекрыл пути поставок продовольствия. В начале 1469 года, когда воины Абу Саида оголодали, туркмены Ак-Коюнлу напали на них и одержали победу очень легко. Попавший в плен Абу Саид был казнен.
С помощью Узун-Хасана в Хорасане сел править сын СултанМухаммада, Йадигар Мухаммад. Но уже в 1470 году он был разбит, свергнут и убит Хусайном Байкарой – правнуком сына Тимура, Умар-Шайха. После ряда столкновений почти весь Иран перешел в руки Длинного Хасана. Хусайн Байкара контролировал только Хорасан, Систан, Мазендеран и Гилян. Но с ним пришлось заключить мир, ибо главная опасность для государства Ак-Коюнлу исходила от Османской империи.
Несколько лет бились за Малую Азию Узун-Хасан и Мухаммад II. В августе 1472 года армия Ак-Коюнлу потерпела поражение близ Коньи. В этой битве погибли трое сыновей Узун-Хасана. В 1473 году Ак-Коюнлу одержали победу над турками у Малатьи, но 11 августа были разгромлены у Отлук-бели. Решающую роль сыграло превосходство турок в артиллерии. После еще одного поражения, в 1475 году, все малоазийские земли Ак-Коюнлу были захвачены османами.
В январе 1478 года Узун-Хасан умер во время похода в Грузию. У почившего падишаха осталось пять сыновей. Старший из них, Халил, сев на трон, казнил своего брата Максуда. Другой брат, Йакуб, поднял восстание, поддержанное племенами байандури и мовсилу. В июле 1478 года в битве у Хоя, Йакуб разгромил Халила, казнил его и занял престол в Тебризе.