Из-за ведомственных интриг в начале декабря 1943 г. из ОКХ пришло указание расформировать орган. Смысловский, заподозренный немцами в двурушничестве, оказался под домашним арестом, а часть сотрудников и агентура были переданы штабу «Валли» и СД. Сам Смысловский впоследствии утверждал, что причиной ареста якобы послужили его контакты с одним из украинских лидеров, Тарасом Бульбой-Боровцом. Кроме того, недоброжелатели Смысловского из эшелонов эсэсовской разведки могли формально обвинить его в плохой организации разведывательной работы (что косвенно затрагивало не только Смысловского, но и его начальников из штаба «Валли» и руководства абвером — соперников гиммлеровского «Черного ордена»), тщательно подобрав все факты провалов агентуры, утечки оперативной информации и неудачных операций против «лесных бандитов». Еще одной причиной ареста главы Зондерпгга-ба могли стать интриги «солидаристов» (членов Национальнотрудового союза, с началом войны массово пошедших, исходя из тактических соображений, на немецкую службу), которые развернули у него под носом свою политическую деятельность. Это ставило вопрос о способности начальника Зондерпггаба контролировать подчиненных и навести в своей организации порядок.
Следствие велось четыре месяца. Процессы, связанные с роспуском Зондерпггаба, отрицательно сказались на антипарти-занской деятельности немцев, они лишись значительного потока разведывательной информации.
В конце апреля — в начале мая 1944 г. полковник Смысловский был полностью оправдан. Более того, учитывая его заслуги в борьбе с советской разведкой и партизанами, его вызвали в Ставку О КВ и наградили орденом Германского орла II степени с мечами. В мае 1944 г. Смысловского вызвали в ОКВ, где ему вновь предложили возглавить разведывательный орган.
Последний отличался от Зондерштаба «Р» тем, что основное внимание уделялось проведению агентурной разведки в тылах советских войск.
Получив предписание, Борис Алексеевич прибыл в варшавскую разведшколу. Опираясь на ее базу, он приступил к созданию своей разведывательной структуры (штаба части особого назначения — Stab Einheit z.b.V.), используя сотрудников, работавших ранее в Зондериггабе (многие офицеры были возвращены штабом «Валли-Ь). Рядовой состав отбирался среди курсантов учебных лагерей и в частях спецназначения германской армии.
В начале лета 1944 г. Смысловский в основном контролировал подготовку разведывательных и диверсионных групп под Варшавой, организовывал их переброску за линию фронта. В августе 1944 г. поступил приказ о передислокации штаба в город Вайгельсдорф (местечко Совиные горы — Eulengebirge), недалеко от Бреслау (Верхняя Силезия), где Смысловский возглавил «Русскую объединенную разведшколу». В его структуру вошел личный состав из 1-го, 3-го и 4-го учебно-тренировочных лагерей варшавской разведшколы, а также разведчики и радисты, эвакуированные из Восточной Пруссии и Прибалтики, до этого проходившие обучение в разведшколах Летсе, Валги и Стренчи.
С августа по декабрь 1944 г. Смысловскому удалось наладить механизм по подготовке и переброске разведчиков в тыл наступавшей Красной армии. За это время через разведшколу в Вайгельсдорфе прошло несколько тысяч советских военнопленных, окончивших специальные курсы. Перед заброской агенты направлялись в Г&рнекопф и Штебер (в 60–65 км от Берлина), где дислоцировались органы штаба «Валли». Здесь все разведчики проверялись, получали необходимые инструкции и снаряжение. Затем они убывали на машинах в подчиненные вайгельсдорфской школе «мельдекопфы» (пункты по переброске агентуры), где изучали свое задание, документы и район выброски.
Штабу и школе Смысловского подчинялись четыре «мель-декопфа», которые поочередно располагались вдоль линии германо-советского фронта (в Зихельберге, в 70 км от города
Тори; в городе Ласк, в 30 км от Литцманштадта; в Кракау; в городе Нова Весть в Словакии). Каждый «мельдекопф» состоял из пяти сотрудников, включал в себя 2–3 передовых пункта для прохождения агентурных групп и агентов-одиночек. Одновременно с этим сотрудники «мельдкопфов» занимались вербовкой советских военнопленных и местного населения, чтобы использовать их для проведения тактической разведки.
Смысловский прилагал усилия, чтобы повысить оперативность и качество работы своего штаба, школы и переправочных пунктов. Разумеется, осенью — зимой 1944 г. добывать разведывательную информацию стало сложно. Советская контрразведка успешно пресекала попытки немцев собирать сведения о частях и соединениях Красной армии. Борьба на невидимом фронте, тем не менее, продолжалась. Наряду с этим, он не переставал вести переговоры с ОКХ и осенью 1944 г. добился переименования Русской объединенной разведшколы в 1-ю Русскую национальную дивизию, получил право расширить отбор кадров для ведения оперативной разведки.