В 1720 году посланные Петром I войска подавили очередное выступление яицких казаков, и их лидеров впервые допрашивала уже созданная Тайная канцелярия, отправившая некоторых из них на виселицу за план поджечь Яицкий городок и уйти всем войском из России в сторону Китая. В 1766 году, уже при Екатерине Великой, состоялось очередное подавление выступления яицких казаков. От Тайной канцелярии на Яик был прислан генерал Потапов, повесивший многих организаторов беспорядков. Казаки выслали в Санкт-Петербург тайную делегацию ходоков к царице с рассказом о жестокостях Потапова, но глава Военной коллегии (министр обороны Екатерины) граф Чернышев приказал просителей арестовать и тоже отправил их в подвалы Тайной канцелярии в Петропавловку для следствия. Это повлекло в 1771 году новый мятеж: казаки отказались преследовать бежавшие из России от власти Екатерины калмыцкие кочевья, а затем и сами взялись за оружие. При этом казаки рассеяли первую посланную на них армию генерал-майора Траубенберга. Траубенберг был казаками убит, а их собственная проправительственная верхушка атаманов перевешана бунтовщиками, включая главного войского атамана Тамбовцева. Новые армейские части генерала Фреймана казаков разгромили, началось новое следствие о мятеже на Яике, которое от Тайной канцелярии вел присланный на Урал полковник с говорящей для его инквизиторского занятия фамилией Неронов. По этому делу десятки человек казнены или сосланы в Сибирь на каторгу, все тюрьмы были забиты подследственными. Именно в этих условиях на Яике объявился под именем Петра Федоровича казак Пугачев, встретился со скрывавшимися в скитах активными участниками мятежа и легко вызвал тот самый русский бунт, превратившийся в мощное восстание против власти Екатерины II по всему Уралу, Поволжью, Западной Сибири и казахской степи. Так что Тайная канцелярия своими действиями по обузданию казаков и жестокими розысками участников прошедших выступлений внесла свою лепту в сложившиеся для Пугачева «революционные обстоятельства» на Урале.
Целый год половина России полыхала в пламени пугачевского бунта, против высшей власти Российской империи впервые действовала в боевых условиях армия собственных взбунтовавшихся подданных, что означало гражданскую войну в империи. Только к осени 1774 года снятые с турецкого фронта регулярные войска и посланный во главе их полководец Александр Васильевич Суворов на Волге разгромили основную часть пугачевского войска. При отступлении Пугачев был пленен собственными приближенными из яицких казаков и выдан правительству. Начались массовые репрессии участников его движения, в дело вступила Тайная канцелярия, и появилось это самое, дело о пугачевском бунте. Официальная секретная следственная комиссия по общему расследованию пугачевского бунта заседала в Казани, и возглавлял ее работу секретарь Тайной канцелярии Иван Зряхов, специально командированный сюда из столицы; комиссия эта работала до конца 1775 года.
Пугачева везли через российские города под стражей, а затем поместили для следствия на Московском монетном дворе. Помню, как в детстве меня очень удивляло, отчего такого важного государственного подследственного не везли сразу в столицу или хотя бы не поместили по приезде в Москву в одну из тюрем, которых в старой столице России тогда уже имелось несколько. Зачем же его держали на Монетном дворе (ближе к деньгам и государственным секретам их производства), а при этапировании до Москвы оставляли под конвоем на ночлег в обычных домах губернских городов по пути следования? Так, в моем родном Симбирске Пугачева содержали в кандалах в частном доме, на месте которого сейчас стоит городской драматический театр, о чем повествовала мемориальная доска на стене здания.