При восстановлении Екатериной Тайной канцелярии наблюдаются два важных момента, которые мы не можем обойти своим вниманием. Во-первых, по указу императрицы Тайную восстановили во всех полномочиях, но решили никак об этом не объявлять, сохраняя деятельность этого органа в тайне. Указ покойного Петра Федоровича об упразднении канцелярии не отменялся. Екатерина даже подтвердила своим указом действие манифеста покойного мужа об упразднении системы «Слово и дело», умолчав в нем о своем решении возродить Тайную канцелярию. Впервые тайный сыск в России становился действительно тайным, не легитимизированным для общества в царском указе, хотя правда о деятельности канцелярии быстро распространилась по стране. Во-вторых, впервые в российской истории сыска органы государственной безопасности от высшей власти монарха отделила надзорная прослойка органов юстиции, пускай зачастую формальная и эфемерная. Это было отголоском попытки свергнутого мужа Екатерины Петра учредить новый орган тайной полиции не отдельно, а в составе российского Сената. Именно прослойкой Сената и фигурой российского прокурора Екатерина впервые в нашей истории отделила орган тайного сыска непосредственно от фигуры императора России не фактически (как сам себя в такую прослойку при Елизавете возвел временщик Бестужев-Рюмин), а юридически.
Контроль за работой Тайной канцелярии Екатерина возложила на генерал-прокурора империи Александра Ивановича Глебова, ставшего связующим звеном между императрицей на троне и ее тайной полицией. Глебову поручалось самому определять, начинать ли Тайной работу по очередному доносу, разбираться ли ему с ним самому или сразу отмести донос. Должность генерал-прокурора при Сенате, занимавшегося вопросами контроля за соблюдением законов в империи, была введена еще при Петре Великом, но до Екатерины II тайный сыск из ведения генерал-прокурора был изъят. Напротив, сам главный прокурор империи мог легко стать подследственным Тайной канцелярии. Так в ее подвалы при императрице Анне Иоанновне с этой должности попал адмирал Соймонов, проходивший в качестве одного из главных заговорщиков по делу о заговоре Волынского и отправленный в итоге на каторгу (при Елизавете Соймонов полностью амнистирован и даже назначен сибирским губернатором).
Да и первый, еще Петром I назначенный в 1722 году российским генерал-прокурором, глава прокуратуры Павел Иванович Ягужинский в 1730 году подвергнут аресту и следствию, от которого его, впрочем, быстро освободила новая императрица Анна Иоанновна. Ягужинский затем опять возглавил при Анне российскую прокуратуру, но никакого отношения к контролю над Тайной канцелярией Ушакова не имел, хотя по задумке Петра I прокуратура и должна была стать высшим органом надзора над всеми государственными институтами Российской империи. Но в лице Ягужинского наша прокуратура вообще имела номинального руководителя. Чего стоит тот факт, что при Анне Иоанновне, сохраняя должность генерального прокурора империи, Ягужинский одновременно был российским послом в Пруссии, проводя большую часть времени в Берлине. В Петербурге за него исполнял обязанности генерал-прокурора его заместитель Анисим Маслов (его чин назывался обер-прокурором), а после смерти Маслова и. о. генерального прокурора стал тот самый Федор Сойллонов, вскоре попавший в подвалы Тайной канцелярии. Участь Соймонова многому научила назначенного новым генерал-прокурором Никиту Трубецкого, занимавшего этот пост почти все царствование Елизаветы Петровны. Судя по оставшимся нам документам из-под пера Трубецкого в чине российского генерального прокурора, к вопросам тайного сыска он старался иметь как можно меньше отношения, ограничиваясь подписыванием приговоров о ссылке государственных преступников, зато все 20 лет своего прокурорства спокойно просидел в своем кресле. Только с воцарением Екатерины II и утверждением ею в должности генерал-прокурора Глебова прокуратура получила хотя бы формальное право контролировать деятельность тайного сыска в Российской империи. Теперь глава российской прокуратуры возвышался над тайной полицией России, и это был очень важный шаг вперед в истории российского тайного сыска.