Возможно, были и другие протоколы допросов Пугачева и его ближайших сподвижников-атаманов (Шигаева, Перфильева, Падурова, Творогова, Зарубина и др.), где подробно уточнялась предыстория пугачевского бунта и выяснялась роль каждого из его организаторов, но до нас эти документы за давностью лет не дошли. Или, как предполагают некоторые исследователи пугачевщины, сознательно засекречены еще при Екатерине, а затем уничтожены. Поскольку в истории мятежа Пугачева многим еще видится много загадок, а самого Емельяна Пугачева некоторые «сыщики от истории» до сих пор отождествляют не с носившим это имя казацким урядником, а с агентом польской или французской разведок. Вольтер в свое время вообще полагал Пугачева турецким агентом из числа русских староверов-некрасовцев, скрывшихся после их донского мятежа в Турции, который вернулся на родину баламутить тылы Российской империи, ослабляя ее позиции в очередной войне с Османами. Такие версии по страницам исторических исследований гуляют часто: недавно я узнал о предположении одного историка, что и сибирский хан Кучум был на самом деле польским разведчиком, поднявшим дикие племена Сибири для организации в тылу у Москвы второго фронта русско-польской войны. Есть еще мнение, что мятеж Пугачева инспирировали из Санкт-Петербурга тайные сторонники быстрейшего воцарения наследника Павла Петровича вместо Екатерины II, якобы они и голштинское знамя из столицы выслали самозванцу, и просили его все время целовать портрет своего «сына» Павла. Но вернемся от таких сногсшибательных версий к делу Пугачева, Тайная канцелярия беглого казака в польском происхождении все же не подозревала и таких оригинальных вопросов Шешковский, в отличие от более поздних исследователей, перед своим подследственным не ставил.
Хотя возможно, что никаких особенно сенсационных загадок в утраченных материалах следствия по делу Емельяна Пугачева нет и основные тома дела попросту затерялись во времени, а нам остались протоколы Шешковского с вопросами о «пугачевской казне» и голштинском знамени. Подводя черту здесь, заметим, что спрятанную пугачевцами казну (если она реально существовала) тогда найти не удалось, и ее розыск еще долго не давал покоя отечественным кладоискателям в Поволжье и на Урале. И откуда у пугачевцев было голштинское знамя, тоже не дознались, его якобы похитили в столице какие-то раскольники и привезли в дар «царю Петру», который в образе царя-освободителя и им обещал всяческие послабления в вопросах веры. Это официальная версия следствия под началом Шешковского. Сам Пугачев, судя по оставшимся материалам следствия, на вопрос о появлении в его ватаге голштинского знамени ведшим допрос Шешковскому и московскому губернатору князю Волконскому выдал совершенно невероятную версию его заполучения: «Знамя не полонено, а найдено моим сподвижником Перфильевым у разбитой его шайкой воинской команды под Дубравкой в захваченном сундуке». Этому объяснению Шешковский с Волконским, естественно, не поверили: зачем воинской части таскать в сундуке уже не действующий штандарт бывшего императора. О привезших ему эту реликвию раскольниках Пугачев, судя по протоколу, ничего не говорил, но версия эта у следствия появилась. Возможно, что и умышленно появилась, чтобы оправдать тем самым последовавшие после подавления бунта Пугачева новые репрессии екатерининского сыска в отношении староверов.
Следствие по делу самого Пугачева, в отличие от долгого расследования о пугачевском мятеже, в целом длилось не так уж долго. Перед Шешковским, кстати говоря, императрица еще в Санкт-Петербурге строго поставила генеральную задачу: «маркиз Пугачев» не должен умереть от пыток во время допросов. Здесь дело не в гуманности, просто опять же нужна была его публичная казнь, чтобы исключить дальнейшие слухи об очередном воскрешении Петра III. По официальной версии, на которой в своих записках настаивала и сама императрица Екатерина II, к Пугачеву вообще на следствии силу не применяли по ее милостивому указанию. Она и четвертование ему в последний момент заменила на менее болезненное обычное обезглавливание, желая отличаться от жестокого французского короля Людовика XV, незадолго до того приказавшего казнить мучительной смертью покушавшегося на него в Версале заговорщика Дамьена, которого на площади разорвали на части огромными щипцами.