Причем, в отличие от по большей части формального попечения над Тайной канцелярией со стороны екатерининского верховного прокурора Сената Вяземского, Павел потребовал от своих новых генерал-прокуроров более тесной работы по кураторству Тайной экспедиции. Когда его генерал-прокурор Беклешев показался взрывному и эмоциональному императору Павлу недостаточно жестким для этой должности именно в плане руководства службой тайного сыска, он снял его с поста и заменил сухим и жестоким Обольяниновым. Этот человек своей замкнутой хмуростью и внезапными взрывами недовольства напоминал самого императора Павла Петровича. Сразу после убийства Павла в 1801 году в ночь дворцового переворота Обольянинов лишится поста, сам будет арестован в ту же ночь в собственном доме, и ему предъявят счет за злоупотребления на посту прокурора Сената. А умеренный любитель строгой законности Александр Андреевич Беклешев будет Александром I возвращен на свой пост, и именно ему новый царь доверит процедуру ликвидации павловской Тайной экспедиции.
Непосредственным руководителем Тайной экспедиции являлся тайный советник Юрий Николаев, вошедший в российскую историю в качестве главного недруга при дворе прославленного полководца графа Суворова и инициатора его опалы во время правления Павла. Именно Николаев в 1797 году дал подчиненным приказ арестовать полководца с мировой славой, после чего Суворова указом императора Павла отправили в ссылку в собственное имение в Кобрине. В части документов той эпохи фамилию начальника Тайной экспедиции пишут как Николев, вероятно, он был выходцем из болгар, а фамилия русифицировалась затем уже со временем в более привычную для русского уха. Так что предшественниками многочисленных немцев во главе жандармского тайного сыска России в XIX веке были выходец из болгар на русской службы Николев и гродненский поляк Шешковский, до них от Толстого до Шувалова этот пост занимали в Российской империи только русские.
Сам Николаев, в отличие от предшественников, не стоял у дыбы со щипцами, да и дыбы теперь не было, она отошла в прошлое вместе с системой «Слово и дело». Хотя наследник Николаева и основоположник Третьего отделения, «просвещенный жандарм» граф Бенкендорф, считал, что по своей жестокости Николаев и следователи из его экспедиции вроде тайного советника Макарова не уступали Ушакову или Шешковскому. Просто им не дала возможности развернуться краткость правления Павла, да еще отсутствие среди их подследственных фигур калибра Пугачева, Волынского, Кикина, Новикова или декабристов отодвинуло их фигуры в тень истории российского политического сыска. Можно добавить, что и лично Николаев заметно отличался от руководителей прежней Тайной канцелярии. И от вальяжного дипломата-сыщика Толстого, и от «вечного» при разных царях инквизитора Ушакова, и от самоуверенного выходца из правящего клана Шуваловых, и от ехидно-жестокого старика Шешковского. Он был более уже чиновником, чем главой страшного всей России органа политического розыска. И личная мало-приметность заслонила в истории сыска фигуру Николаева образами его более колоритных предшественников. Как и Обольянинов, Николаев в этом плане очень похож на своего императора-повелителя Павла, как и вся короткая история павловской Тайной экспедиции проявляет в себе черты личности Павла I.
Поначалу с приходом Павла, реформировавшим Тайную экспедицию, как и все институты царства своей матери, невызывавшие у него доверия, показалось, что нравы жестокостей прошлой «канцелярии» окончательно отошли в прошлое и сыск в павловское правление будет заметно оцивилизован и осовременен. Первый год царствования Павла даже ознаменован неслыханной ранее в России амнистией по делам «политических смутьянов»: освобождены либералы Радищев и Новиков, руководители польского восстания Костюшко и Потоцкий, белорусский дворянин Лаппо и политический противник Екатерины князь Трубецкой, а также ряд других жертв прежней Тайной канцелярии. Из ссылки возвращен граф Строганов, отправленный туда Екатериной за то, что при своем вояже в Европу примкнул в Париже к якобинцам и участвовал в разгроме Бастилии. В числе амнистированных оказался и монах Авель, претендовавший на лавры русского Нострадамуса и именно за предсказания будущего России попавший в застенки Тайной канцелярии, а оттуда в Шлиссельбургскую крепость при Екатерине. Правда, прорицатель своего дела не оставил, вскоре и павловская Тайная экспедиция вторично арестовала его и отправила в Петропавловку, откуда Авель выберется уже только при Николае I. Те же годы правления Павла впервые за долгое время принесли передышку от преследований сыска русским раскольникам, к ним новый царь относился относительно либерально, надеясь примирить хотя бы умеренные ответвления раскола с православной церковью.