Стрелецкий мятеж, получивший затем в русской истории название «хованщина» по имени стрелецкого командира, вышел из-под контроля и сторонников Софьи, сорвавшись в безумный бунт и грозя стране настоящей гражданской войной. «Хованщину» удалось подавить, Хованского казнили, но раз за разом затем уже царь Петр вынужден был давить очередные мятежи стрельцов под знаменами «былой старины» и церковного раскола. Очередной массовый и опасный для него мятеж нового стрелецкого воеводы Федора Шакловитого был подавлен, и царь сумел в 1689 году все же сбросить власть над страной Софьи и утвердиться в роли единоличного царя при номинальном соправительстве больного брата Ивана. Петру к тому времени уже 17 лет, он многое понял, и ему ясно: стрельцы трону уже не опора, а угроза. И он в итоге их упразднит, заменив на европейский манер гвардией. Поначалу он попытается гвардию использовать в качестве силовой составляющей своего сыска, но затем поймет ее недостаточность в этом вопросе. Но XVIII век был таков, что и после создания Тайной канцелярии учрежденная Петром гвардия оставит за собой часть обязанностей по поддержанию политической стабильности в империи. В связи с относительной слабостью в этом вопросе Тайной канцелярии российская гвардия и при наследниках Петра будет замешана во множестве дворцовых интриг и переворотов. Это станет для следующих после Петра Великого правителей миной замедленного действия. И только после разгрома в 1825 году очередного гвардейского путча и создания в николаевской России профессиональной спецслужбы Третьего отделения армию окончательно отсекут от сферы политической безопасности государства.
Так что первый толчок к идее создать в царстве новую систему политической безопасности должен был произойти у этого правителя еще в 1682 году, когда десятилетний Петр стоял с матерью на кремлевском крыльце. При нем стрельцы метались по кремлевским покоям, уничтожая сторонников клана Нарышкиных. При нем с крыльца на стрелецкие пики летел его дядя Иван Нарышкин, при нем стрелец оттолкнул мать от ее любимца Артамона Матвеева, которого тоже убивали на глазах мальчика-царя. После этой ночи с маленьким Петром часто случались припадки, когда он безотчетно тряс головой, многие считают этот день мятежа началом серьезного психического заболевания Петра I, бывшего затем причиной его вспышек жестокости. Но вместе с тем в его голове должно было затвердеть убеждение: стрельцы враги, трон должна охранять другая сила, не армейская. И ненависть к врагам за этот страх не остывала с годами. Уже став полноправным монархом в стране, Петр приказал своим преображенцам вырыть из могилы труп умершего к тому времени организатора стрелецкого мятежа Ивана Милославского, чье разложившееся тело палач четвертовал на Лобном месте. Здесь очень интересная перекличка с историей создания Иваном Грозным опричнины. Ведь Иван в столь же юном возрасте видел боярские заговоры, метавшихся по Кремлю вооруженных людей, и точно так же на его глазах убивали родного дядю — тоже брата матери и главу верного ему семейного клана (только на месте Нарышкиных тогда были Глинские). Здесь почти калька ивановской истории на петровскую, их покойные дяди становятся своеобразными символами последующей мести. Сочетание личного мотива мести боярам или стрельцам, Старицким или Милославским, с осознанием необходимости создания новой системы безопасности своей власти и своего трона. Можно сказать, что последующие органы подавления политических противников и инакомыслия Иваном и Петром в свое время создавались «и за власть, и за дядю».
Когда в 1689 году 17-летнего Петра опять собирались убить поднятые Софьиными сторонниками стрельцы и только предупрежденный случайным перебежчиком из этого лагеря Петр успел ускакать в одной рубашке и скрыться в Троицком монастыре, эта идея должна была еще более окрепнуть. И, получив полную власть, разогнав сторонников Софьи, молодой царь постепенно приступит к воплощению этой идеи в жизнь.