Как отмечают почти все исследователи этого периода российской истории, показания Зубарева сегодня кажутся явно надуманными и полученными под принуждением даже в этой части. Это не говоря уже о совсем сенсационных показаниях Зубарева о плане выкрасть Ивана Антоновича из-под стражи и переправить с германским кораблем в Европу и о вручении беглому сибиряку для этой миссии тысячи золотых червонцев лично из рук прусского короля Фридриха. Правда, те историки, кто считает Зубарева настоящим наемником на службе прусской разведки, утверждают, что такой заговор в пользу Пруссии действительно мог иметь место. В качестве доводов правдивости версии Зубарева, данной под пытками, они приводят факт работы с ним в Пруссии непосредственно адъютанта прусского короля Фридриха — Германа Манштейна. Действительно, именно этот предок гитлеровского полководца времен Второй мировой войны и бывший прусский наемник на русской службе при Фридрихе Великом в отсутствие у пруссаков отдельной службы разведки курировал в Берлине работу в этой деликатной сфере. И именно Манштейну германские уже историки приписывают особую заботу о плане освобождения в России арестованных претендентов на престол из брауншвейгской семьи, родственной прусскому двору Фридриха II, для возведения их на российский престол. Так что если кто-то и работал с Зубаревым в Пруссии, то это должен был быть именно Манштейн. Хотя и эта улика не освобождает дело о заговоре Зубарева с прусской разведкой от обвинений в заказном характере этого расследования. А о Манштейне беглый сибиряк мог узнать во время своих странствий в Европе, упоминая его при своем самооговоре под диктовку «следователей» Шувалова. В германских источниках следов сговора прусской разведки с сибирским разбойником Зубаревым не осталось, как и в мемуарах самого Манштейна, опубликованных после его гибели в Семилетней войне, на которой верный солдат и главный разведчик короля Фридриха Великого попал в засаду австрийских гусар и был ими зарублен в бою.
В любом случае показания Зубарева позволили и в очередной раз обвинить пруссаков во вмешательстве в российский династический конфликт, и усилить репрессии против российских раскольников, и ужесточить обращение в воронежской ссылке с брауншвейгскими затворниками. А самого бывшего императора Ивана Антоновича из-под относительно мягкого ареста в Холмогорах заточить в одиночку Шлиссельбургской крепости, где он позднее и будет убит своей стражей. Такие очень выгодные для власти Елизаветы последствия зубаревских показаний на следствии дали некоторым современным историкам основания предполагать, что Зубарев изначально был двойным агентом, посланным Бестужевым-Рюминым в Европу под прикрытием беглого уголовника. Его могли специально подставить пруссакам с целью выявить их планы и затем спровоцировать сторонников Брауншвейгов в России на открытые действия для обоснования репрессий против них. Сегодня это обычная для спецслужб операция, по тем временам — изощренная и тонкая комбинация, ноу-хау в работе русского тайного сыска, но истина сегодня по этому делу установлена быть не может, в архивах доказательств этой версии не найдено.
Хотя историки из числа сторонников такой версии и предлагают считать Зубарева тем самым неустановленным агентом Бестужева-Рюмина, которого послали в Европу после ареста клана Лопухиных. Они полагают, что главной задачей такого агента-двойника Бестужева-Рюмина должны были стать даже не обвинения в адрес все еще опасной брауншвейгской династии, а именно осложнение отношений России с Пруссией, в войну с которой сторонник проанглийской ориентации Бестужев-Рюмин все время старался втянуть Елизавету. Один из сторонников такого прочтения загадочного дела Зубарева в Тайной канцелярии А.А. Бушков в своей работе «Россия, которой не было» отстаивает именно эту версию работы Зубарева лично на Бестужева-Рюмина и раскручивания всего этого дела по заказу самого канцлера: