Нам сегодня неизвестно, знала ли Елизавета во всех деталях о том, как Ушаков лично выбивал из «заговорщиков» показания на нее, и что она думала об Ушакове как о человеке. Но он сгодился и в ее царствование, хотя и был уже в почтенном возрасте, но продолжал руководить Тайной канцелярией и при новой государыне до самой своей смерти. «Профессионал» тайного сыска, служащий нескольким властям, в том числе и тем, с кем яростно боролся во время нахождения их в оппозиции, — очень знакомая нам в XX веке картина. Можно констатировать, что князь Ушаков явил в российской истории новый типаж главы тайного сыска, отчасти как отдельной и независимой политической фигуры в череде постоянных переворотов, но при этом готовой переориентироваться на службу новой власти мгновенно по требованию момента.
В эпоху Елизаветы нравы несколько смягчились, императрица, как известно, на время вводила даже мораторий на исполнение смертных приговоров. Однако машина «Слово и дело» продолжала крутить свои маховики, а Тайная канцелярия Ушакова по-прежнему искореняла крамолу в государстве привычными методами. Правда, несколько изменилось положение самой канцелярии в системе органов управления империи. Всесильный при Елизавете канцлер, фактический глава правительства, Бестужев-Рюмин ведал многими делами в государстве, и он безо всяких указов сам взял на себя руководство Тайной канцелярией. Ушаков стал исполнителем его воли, признавая в Бестужеве-Рюмине руководителя, хотя формально никакого указа о надзоре Бестужева-Рюмина над Тайной канцелярией не было, и Ушаков юридически по-прежнему подконтролен был только императрице Елизавете.
Впервые с момента, когда Петр I создал в 1718 году Тайную канцелярию, между этой спецслужбой и фигурой российского императора-самодержца появляется прослойка в лице другого сановника империи, пусть пока еще не законодательно, а по факту. Алексей Петрович Бестужев-Рюмин был таким же типовым порождением Петровской эпохи, как Петр Андреевич Толстой, они во многом похожи лично и по своей служебной биографии. Бестужев-Рюмин такой же талантливый русский дипломат и руководитель при императрице Елизавете российской разведки и тайного сыска, каким был при ее отце Толстой, и такой же безжалостный инквизитор, безнравственный казнокрад и взяточник. Он сделал дипломатическую карьеру при Петре I на посту российского посла в Ганновере, при Анне Иоанновне входил в ближайшее окружение всесильного Бирона, по его протекции после ареста Волынского уже успел недолго посидеть в кресле кабинет-министра Российской империи. Главный шаг к своей канцлерской карьере в Российской империи Алексей Бестужев-Рюмин сделал банальным доносом: в 1733 году именно к нему пришел с доносом на измену смоленского губернатора князя Черкасского дворовый человек Миклашевич, а уже Бестужев-Рюмин сообщил об этом в ведомство Ушакова, что повлекло арест и допросы Черкасского. После свержения военным переворотом Бирона в тюрьму был брошен и его соратник, арестованный гвардейцами Миниха в ту же ночь, что и его покровитель. Но вскоре севшая на престол Елизавета Бестужева-Рюмина помиловала и приблизила к себе, сделав канцлером и первым министром своего двора. Поскольку граф А.П. Бестужев-Рюмин вплоть до своей опалы в 1758 году являлся и главой российского внешнеполитического ведомства, а также много внимания уделял внешней разведке, которая тогда еще не имела своего органа и велась стихийно руками дипломатов, то к годам его кураторства Тайной канцелярии относится и первая в Российском государстве попытка свести в одну систему разведку, контрразведку и политический сыск. Отправляемых за рубеж с разведывательными целями посланников Бестужев-Рюмин инструктировал лично, а ведомству Ушакова в этой системе помимо привычного розыска антигосударственной крамолы поручалось противостоять таким же разведчикам из числа иноземных дипломатов в России. В задачи Тайной канцелярии Ушакова вошло в том числе и превентивное наблюдение за иностранцами в России.
Полномочия и задачи Тайной канцелярии, таким образом, резко расширялись. Непосредственно для разыскных и следственных действий внутри канцелярии в то время был выделен Сыскной приказ. В эти же годы у нее растет число постоянных осведомителей-агентов при сохранении разовых доносчиков по системе «Слово и дело». В те же годы по указанию Бестужева-Рюмина ведомство Ушакова наладило постоянную практику перлюстрации дипломатической переписки иностранных посольств, что ранее делалось также в разовом порядке. При этом для раскрытия секретных шифров и кодов иностранных дипломатов-разведчиков Бестужев-Рюмин привлек виднейшего в те годы немецкого математика Гольдбаха, так были заложены в России основы шифровального дела. Таким образом в 1744 году были доказаны шпионские действия французского посла в России маркиза Шетарди, после чего Ушаков с вооруженной охраной пришел к нему домой, зачитал указ императрицы о высылке из страны и препроводил лично к карете, увозившей посла-разведчика в Париж.