Этническая принадлежность для горожан при этом оказывалась не очень важна. Немцы из Ливонии и Германии, шведы принципиально не различались. Было принято разграничивать людей, скорее, по социальному признаку: «горожане» — «аборигены», относя к последним крестьянское население — эстонцев и латышей. Поздних историков очень волновала этническая принадлежность знаменитого ливонского хрониста — Бальтазара Рюссова. В связи с тем что Рюссов служил пастором при церкви Святого Духа в Ревеле, где собирались протестанты — горожане эстонского происхождения, возникло предположение, что и сам Рюссов был онемеченным эстонцем, так сказать, одним их первых эстонских интеллектуалов. В ХХ веке на этот сюжет был написан художественный роман и снят фильм — об адаптации эстонца ХVI века в чужой немецкой среде. Однако, судя по источникам, этническое происхождение Рюссова было совершенно безразлично современникам. Не видно, чтобы оно имело какое-то значение и для самого Рюссова. Он считал себя немецкоговорящим пастором-протестантом, жителем Ревеля.
Массовая ливонская эмиграция в Германию не привела к образованию в ней диаспоры «ливонских немцев» — все они стремительно растворились в империи. Вывезенные в Россию ливонцы также не образовали своей колонии. Они служили в составе армии Ивана Грозного. Известна роль ливонских стрелков в сражении при Молодях 1572 года. Однако к началу ХVII века понятие «ливонец» несло уже чисто историческое содержание. Такой идентичности не было. Ливонский орден растворился в истории, как и некогда почти уничтоженный им народ ливов, давший имя ордену.
Для Польской короны и Великого княжества Литовского захват «Инфлянтов» имел важное символическое значение. Вслед за Пруссией Польша покорила и «Инфлянтов», младшую ветвь Тевтонского ордена. Понимание себя как победителей немецких рыцарей играло важную роль в формировании социальной гордости польского шляхтича. Победы в войнах второй половины XVI века повлияли на складывание польской национальной идеи, в том числе концепции польского народа-триумфатора, создателя державы «от моря и до моря», объединяющей восточнославянские народы. К ней польская мысль будет возвращаться и в XIX, и в XX столетиях.
Важную роль Ливонская война сыграла для формирования этнокультурной идентичности русских, причем по обе стороны фронта: и русских Российского царства, и русинов Великого княжества Литовского. Они и раньше были разделены, воевали между собой. С каждой войной ощущение взаимных различий нарастало и достигло апогея в годы Ливонской войны. Если раньше не возникало проблем с адаптацией местного населения на присоединенных к России территориях Великого княжества, то теперь Россия, захватив Полоцкий повет, заселила его своими людьми. То же сделала Речь Посполитая в 1579 году.
Конфессионального единства (православия) становится недостаточно для этнокультурной идентичности. В ХVI веке благодаря русско-литовским войнам начинает активно формироваться понятие «других православных», «других русских», причем в обоих лагерях. Каждая сторона все более приходила к выводу, что подлинные русские, русь, русины — «это мы», а противник — «литва дворовая», литвины или «москали». Воины Ивана Грозного без колебаний стреляют в «литвина дворового» Николая Петрова, а на невольничьем рынке в русинском Могилеве всю войну успешно торгуют «девками москальскими» и пленными «москаликами». Культурные и этнические различия были и до конфликта, но война их необычайно обострила и сделала в чем-то необратимыми. Набирал обороты процесс этнического размежевания населения Восточной Европы, на землях которой позже возникнут русская, украинская, белорусская нации.
Своего развития он достигнет в ХVII веке, после Брестской унии 1596 года, когда православных Речи Посполитой в Москве стали просто перекрещивать, считая, что в окружении униатов, католиков и протестантов православный русин все равно не мог сохранить чистоту веры. На наш взгляд, именно балтийские войны вкупе с другими русско-литовскими войнами ХVI века запустили процесс дискредитирования роли конфессии как маркера этнокультурной идентичности. Православие русинов уже не обеспечивало их «русскости».
Новым фактором оказалась проблема эвакуации населения с оккупированных территорий. Русские длительное время владели значительной частью Ливонии и Полоцким поветом. На этих землях были осуществлены поместные раздачи, размещено население, построены православные церкви, налажена инфраструктура. Когда пришлось уходить, для многих это оказалось катастрофой. Далеко не все хотели покидать свои поместья. Возникала проблема выбора родины. Феномен «бояр Розладиных», русских по происхождению, живших в бывшей Ливонии, служивших шведам и сражавшихся с русскими, в конце ХVI века был не единичен.
Конечно, все эти явления и процессы получили гораздо большее развитие в ХVII–ХVIII веках, но начинались они во время войны, которую историки называют Ливонской. Это была первая, еще неотчетливая фаза становления раннемодерных наций в Восточной Европе.