Великого князя трудно упрекнуть в симпатиях к заговорщикам: будучи членом Следственной комиссии по делу декабристов, он хорошо знал, какую участь заговорщики уготавливали ему самому и его семье. Вряд ли Михаил Павлович был связан дружескими отношениями с Иваном Шиповым, бывшим участником тайных обществ. Однако «пятно заблуждения» Шипов с себя уже смыл, командуя Сводным полком. Кроме того, нелюбовь к заговорщикам вовсе не означала для царского брата (имевшего, в отличие от Майбороды, прочные понятия об офицерской чести) уважение к доносчику и готовность оправдывать все его действия. Приказом по Гвардейскому корпусу Майборода был отстранен от командования батальоном.
Затем дело поступило на рассмотрение императора. «За несовместную с порядком службы переписку с полковым командиром генерал-майором Шиповым 2-м и несоблюдение чрез то отношений подчиненного к начальнику» подполковник Майборода был переведен в армию, в пехотный полк графа Паскевича-Эриванского. При этом либо сам царь, либо те, кто готовил для него приказ о переводе Майбороды (возможно, и Шипов через третьих лиц), реализовали свое желание не только наказать, но и унизить доносчика. Вряд ли можно считать случайностью, что высочайший приказ датирован 14 декабря 1831 года. Именно под этим числом штраф был записан и в послужной список подполковника.
В XIX веке штрафование означало для офицера не только моральное унижение. Офицер, получивший штраф, подвергался всякого рода ограничениям по службе: его обходили при получении следующего чина и назначении на должность, даже в случае последующего снятия штрафа он не получал права на знак отличия беспорочной службы. Судьба Майбороды не стала исключением из общего правила. Оказавшись в армии, с 1831 по 1845 год он сменил еще шесть полков и выслужил всего лишь один чин — полковника.
Дисциплинарные наказания в русской армии влекли за собой и материальные потери: в случае выхода в отставку штрафованный не имел возможности рассчитывать на «полный пенсион» — получение того же денежного содержания, что и на службе, но в виде пенсии. Для страстно любившего деньги подполковника этот фактор наверняка был более значимым, чем все предыдущие.
В 1833 году Майборода просил императора разрешить ему по болезни оставить действительную военную службу «с отчислением состоять по армии и с награждением единовременным денежным пособием». К прошению была приложена медицинская справка о том, что подполковник страдает «закрытым почечуем (геморроем. —
В 1836 году Майборода просил о снятии штрафа, ему отказали. Штраф с него был снят лишь через 11 лет после его наложения, в октябре 1842 года, когда Майборода уже почти два года был полковником и больше года командиром карабинерного полка князя Барклая де Толли. Через три дня после снятия штрафа он получил под свою команду Апшеронский пехотный полк, активно воевавший на Кавказе. Но и в Апшеронском полку Майборода продолжал влачить жалкое существование: сведения о его прошлом, иногда даже и не вполне достоверные, переходили из полка в полк вслед за ним.
Согласно мемуарам одного из офицеров-апшеронцев, П. А. Ильина, известия о том, что полковник «служил казначеем в полку, командуемом Пестелем», и предал командира, очень быстро сделались известны офицерам. Казначеем в Вятском полку Майборода не был, однако к полковым деньгам имел прямое отношение. И «что-то в роде отвращения», которое почувствовали к новому начальнику офицеры, было вполне оправдано. Ильин вспоминал: «Приехал Майборода. Высокий рост, короткая талия и длинные ноги делали его некрасивым, хотя лицо его было недурно; но темная кожа лица, синие полосы от просвечивающей бороды на гладко выбритых и лоснящихся щеках, строгий взгляд, сухой тон разговора до крайности, медленность движений и неуклюжесть их расположили к нему всех антипатично.
Дома, во время обеда, на который приглашались им офицеры, он был неразговорчив. Жена и свояченица его молчали во весь обед, не зная, куда девать глаза, когда кто-нибудь из нас заговаривал с ними, и офицеры, сострадая загнанному положению женщин, как подозревали они, чувствовали себя за обедом у Майбороды ничуть не веселее, чем за столом на поминках».