Но вот какую западню устроил Ростопчин против Пестеля. Он написал письмо от неизвестного, который уведомляет приятеля своего за границею в заговоре против императора и входит в разные подробности по этому предмету; в заключение говорит он: «Не удивляйтесь, что пишу вам по почте; наш почт-директор Пестель с нами». Ростопчин приказал отдать письмо на почту, но так (неизвестно, каким способом), что письмо должно было непременно возбудить внимание почтового начальства и быть передано главноуправляющему для перлюстрации. Граф Ростопчин хорошо знал характер императора Павла, но хорошо знал его и Пестель. Он не решился показать письмо императору, который по мнительности и вспыльчивости своей не дал бы себе времени порядочно исследовать достоверность этого письма, а тут же уволил бы его или сослал. Граф Ростопчин также все это сообразил и с большою надеждою на удачу.
Несколько дней спустя, видя, что Пестель утаивает письмо, доложил он государю о ходе всего дела, объясняя, разумеется, что единственным побуждением его было испытать верность Пестеля и что во всяком случае повергает он повинную голову свою пред его величеством. Государь поблагодарил его за прозорливое усердие к нему. Участь Пестеля решена: прекращены дальнейшие успехи его, по крайней мере на все настоящее царствование; он уволен от занимаемого им места».
Вряд ли Иван Пестель долго переживал, узнав в марте 1801 года о насильственной смерти императора Павла. Воцарение Александра Павловича означало для России надежды на смягчение доморощенного самовластья, а лично для него конец опалы. В 1801 году, в возрасте 36 лет, Иван Пестель стал сенатором. Александр I не сомневался в его честности и преданности престолу. В первые годы нового царствования молодой сенатор по личному распоряжению Александра проводил ревизии в Вятской и Казанской губерниях. Успех этих ревизий укрепил доверенность монарха к сенатору. В 1806 году тайный советник Иван Пестель был назначен генерал-губернатором Сибири.
Сибирское генерал-губернаторство было вершиной и в то же время самым неоднозначным этапом его карьеры. На этой должности Иван Пестель пробыл 13 лет; большую часть этого срока он прожил в Петербурге, а отставка его сопровождалась громким скандалом. Генерал-губернаторство в итоге принесло Пестелю большие неприятности, светские прозвища «сибирский сатрап» и «проконсул Сибири» и недобрую репутацию среди современников и потомков. Враг «всякой свободной идеи, всякого благородного порыва», «суровый, жестокий, неумолимый» человек, который «любил зло как стихию, без которой он дышать не может, как рыба любит воду» — таким запомнился Иван Пестель знавшим его в период генерал-губернаторства людям. В свете упорно циркулировали слухи об огромных взятках, которые он берет. Потом, когда его сын Павел погибнет на виселице, современники не без жестокой иронии заметят, что «сибирский сатрап» повешения заслуживал в гораздо большей степени.
Генерал-губернаторство Ивана Пестеля, как и его почтовая деятельность, обросло всякого рода более или менее достоверными слухами. По одному из них Иван Пестель был однажды приглашен на обед к государю, среди приглашенных был также и граф Федор Ростопчин, его давний враг. Александр I, стоя у окна, спросил: «Что это на церкви… на кресте, черное?» — «Я не могу разглядеть, — заметил Ростопчин, — это надобно спросить у Ивана Борисовича, у него чудесные глаза, он видит отсюда, что делается в Сибири».
Один тобольский мещанин решил жаловаться на генерал-губернатора, с трудом пробрался в Центральную Россию и разыскал государя в Царском Селе. Когда же царь, пожалев мещанина, пообещал разобраться в его деле и велел спокойно идти домой, мешанин ответил: «Ваше величество, я к себе теперь не пойду. Прикажите лучше меня запереть в острог. Разговор мой с вашим величеством не останется в тайне — меня убьют».
Некий чиновник Корсаков, поссорившийся с генерал-губернатором Сибири, был выслан из Иркутска. Местным властям было предписано не оставлять его больше трех дней в одном населенном пункте и не выпускать за пределы Сибири. «Таким образом, бедному семейству чиновника довелось бы всю жизнь пространствовать по Сибири, если бы томский губернатор не отважился, из сострадания, позволить ему остаться на неопределенное время в Томске».
«Начальник Тобольского провиантского депо, генерал Куткин, осмелился о чем-то поспорить с ним. Пестель отдал его под суд, заключил под строжайший домашний арест, даже разлучил с семейством. Пестель скрывал перед Сенатом истинное положение Куткина и оставлял без исполнения сенатские указы об облегчении его участи. «Жизнью отвечаю, — восклицал Куткин из своего заточения, — что враги мои не найдут ни одного слова к оправданию тех жестокостей, которые они мне наносят». Имение Куткина было описано прежде начета, дочь его ослепла от слез, сам он в 1817 году умер под стражей. А злоупотреблений при решении дела не оказалось».