У Министерства внутренних дел до 1917 года были две служебные министерские квартиры. Одна находилась в доме № 16 по набережной Фонтанки. Другая занимала дом № 61 по Большой Морской улице, на набережной реки Мойки. Когда в конце апреля 1906 года саратовский губернатор П.А. Столыпин согласился принять предложенную ему должность министра внутренних дел, то ему пришлось выбирать одну из этих квартир для предстоящей жизни в столице. Столыпин выбрал дом, что был на реке Мойке. Во-первых, потому что у него была большая семья — пять дочерей и сын, — а этот дом был более приспособлен для семейной жизни. А затем и потому, что «фонтанный дом» вместе с богато убранными апартаментами имел и дурную репутацию «золоченого саркофага Сипягина»: в нем жили погибшие в недавние годы министры внутренних дел Сипягин и Плеве. Такое неожиданное и резкое повышение по службе Петра Аркадьевича не радовало. В это смутное, революционное время всякое новое назначение являлось не радостным вознаграждением, а, скорее, наказанием. Особенно назначение на министерское кресло. На министров охотились — в них стреляли, в них кидали бомбы.
Однако обстоятельства сложились так, что, несмотря на первоначальный выбор, Столыпину пришлось все же жить в доме на Фонтанке.
Прибывшая из Саратова в мае семья Столыпина вначале разместилась на Министерской даче, что была на Аптекарском острове, рядом с Ботаническим садом. Дача представляла собой двухэтажный деревянный дом на набережной Большой Невки. На нижнем этаже были служебные помещения (кабинет, приемная, зал заседаний), на верхнем — жилые комнаты.
В эту весну 1906 года в Петербурге появилась еще одна, не виданная ранее достопримечательность — Государственная дума в Таврическом дворце. Ее обширные ложи, предназначенные для публики, были переполнены, как в театре. Побывала там и старшая дочь Столыпина, Мария, в день выступления отца. Она так описала свои впечатления:
«Я первый раз увидела моего отца, выходящего на трибуну! Ясно раздались в огромной зале его слова, каждое из которых отчетливо доходило до меня… Он был поразительно серьезен и спокоен… Недолго дали говорить моему отцу спокойно: только в самом начале его речи все было тихо, но вот понемногу на левых скамьях начинается движение и волнение, депутаты переглядываются, перешептываются. Потом говорят громче, лица краснеют, раздаются возгласы, прерывающие речь… Скоро возгласы превращаются в сплошной рев. Папа все стоит на трибуне и лишь изредка долетает до слуха, между криками, какое-нибудь слово из его речи. Депутаты на левых скамьях встали, кричат что-то с искаженными, злобными лицами, свистят, стучат ногами и крышками пюпитров… Невозмутимо смотрит папа на это бушующее море голов под собой, слушает несвязные, дикие крики, на каждом слове прерывающие его, и так же спокойно спускается с трибуны и возвращается на свое место».
Несмотря на такие бури в Таврическом дворце, Столыпин все же пытался договориться с кадетским большинством в Думе. В одну из июньских белых ночей на своей министерской даче он вел секретные переговоры с лидером кадетов П.Н. Милюковым о создании совместного «правительства общественного доверия». Они оказались безрезультатными. Кадеты хотели сами формировать правительство. Столыпин пришел к выводу, что «выполнение желаний к.-д. партии было бы гибельным для России». (Опыт февраля 1917 года показал, что он был прав.) Таким образом была решена судьба Первой Думы: 9 июля, в воскресенье, с утра по городу был расклеен указ о ее роспуске. Одновременно с этим указом был опубликован и другой — о назначении Столыпина председателем Совета министров.