Таких «резких движений» Петру Аркадьевичу не простили. В революционной среде решено было покончить со Столыпиным. Этим делом лично занялся глава Боевой организации партии эсеров — Азеф. В свое время он руководил ликвидацией В.К. Плеве. Новое покушение на главу правительства было уже налажено, но оказалось сорвано непредвиденным обстоятельством. Солидную Боевую организацию опередила анархиствующая группа максималистов из Киева. Она совершила экспроприацию в Московском обществе взаимного кредита, теперь решила прославиться и в Петербурге. Еще раз взлететь над серой обывательской жизнью и, если придется, погибнуть (подобно горьковскому соколу).
Группа состояла из трех мужчин и одной женщины. Последняя, Климова, позднее давала показания: «Мы решили убить Столыпина во что бы то ни стало. И так как были уверены, что исполнители в помещение допущены не будут, то изготовили разрывные снаряды особой силы по 16 фунтов каждый — долженствующие совершенно разрушить здание дачи».
Террористы сняли квартиру в доме № 49 по Большой Морской улице, затем приобрели ландо, лошадей и несколько дней посвятили вкушению радостей жизни в увеселительных местах столицы.
12 августа у Столыпина был приемный день, и к трем часам этого дня трое покатили на Аптекарский остров. Двое переоделись в жандармскую форму, а один — в штатское. Бомбы положили в портфели. Женщину с собой, в отличие от нынешних героев, они не взяли.
Дача была за высоким забором, наружную охрану они уверенно преодолели, и ландо подкатило прямо к главному подъезду дачи. Из него вышли жандармские ротмистры с солидными портфелями в руках. На пути приехавших стал старик-швейцар: Леонтий Клементьев опытным глазом подметил, что у мнимых жандармов и форма не в порядке, и белье из-под нее выглядывает не первой свежести. Он заподозрил неладное и позвал на помощь. Впрочем, террористы считали свое дело уже сделанным. С криком «Да здравствует свобода! Да здравствует анархия!» они подняли над головой бомбы-портфели и с силой бросили их на пол. Раздался страшный взрыв. Сторона дачи, обращенная к Невке, была разрушена…
В минуту взрыва приемная была полна народа. Многие из представлявшихся, просителей и часть прислуги при доме были убиты (30 человек), немало оказалось раненых. Среди последних были сын и дочь премьера. Трехлетний Аркадий и пятнадцатилетняя Наташа в момент взрыва находились на балконе — прямо над подъездом. Балкон рухнул вместе с детьми и няней на набережную. Их немедля увезли в ближайшую больницу — Б.М. Кальмейера на углу Большого и Каменоостровского проспектов (Каменоостровский пр., 35). С ними поехала и мать — Ольга Борисовна. Ранения Аркадия оказались незначительными. Наташе угрожала ампутация ноги.
Сам Петр Аркадьевич не пострадал. Только лицо и руки его оказались обильно залитыми чернилами: при взрыве около головы пролетела массивная бронзовая чернильница. Другие четыре дочери премьера, бывшие на верхнем этаже, отделались нервным потрясением. Их Столыпин на катере и под наблюдением своего брата отправил в дом на Фонтанке. Он был ближе и лучше охраняем.
Таким образом, вопреки первоначальным намерениям, Столыпины вынуждены были поселиться в министерском доме у Пантелеймоновского моста на Фонтанке. Сначала ненадолго (через неделю царь предложил им жить в Зимнем дворце), а с ноября 1909 года окончательно. Увы, Столыпина постигла такая же судьба, как предыдущих жильцов этого дома: 1 сентября 1911 года он был смертельно ранен выстрелом из пистолета во время парадного спектакля в Киевском оперном театре.
Наверное, было бы нетрудно восстановить разрушенную часть дачи и снова использовать ее по назначению. Однако министр не стал этого делать. Столыпин обратился к царю: «Желая почтить память невинно погибших, я, для увековечивания их памяти, остановился на мысли соорудить на месте взрыва памятник, на передней стороне которого будет установлен образ Воскресения Христа Спасителя, а на обратной стороне помещена доска с именами и фамилиями погибших». Памятник представлял собой гранитный обелиск. Проект на него был составлен архитектором P.P. Марфельдом.
12 августа 1908 года памятник был открыт. Присутствовали при этом Столыпин, его семья и родственники погибших.
После гибели Петра Аркадьевича это мемориальное сооружение стали даже в официальных документах именовать памятником Столыпину.
Часы Столыпина