Куропаткин тоже начал с глазомера, приняв на себя должность, в которой он обязан был победить. Перед отъездом на Дальний Восток он доложил царю о своем плане ведения предстоящей кампании: «На первой стадии кампании нашей главной задачей должно быть предотвращение уничтожения наших сил по частям. Очевидная важность того или иного пункта или позиции (за исключением крепостей) не должна приводить нас к существенной, большой ошибке удержания этого места недостаточными по численности войсками, что приведет нас к результату, которого мы стремимся избежать. Постепенно наращивая силы и готовясь к наступлению, мы должны осуществлять наступательные действия только тогда, когда будем достаточно сильны для наступления, когда у нас будут все необходимые припасы для непрерывного наступления в течение длительного промежутка времени».
Николай II согласился с предложенным планом ведения войны и разрешил при проведении такого оборонительного маневра оставить Южную Маньчжурию вплоть до Харбина.
В марте Куропаткин отправился к месту своей новой службы — в долгий путь, по недавно проложенной великой сибирской железнодорожной магистрали. На станциях его с надеждой и восторженно встречали. В пути он писал министру финансов Коковцову: «Меня носят на руках, мне дарят прекрасных лошадей, предлагают все виды подарков, я вынужден выслушивать приветственные речи, на меня смотрят как на спасителя Отечества. И так будет продолжаться до тех пор, пока я не прибуду к своим войскам; моя звезда будет подниматься все выше. А затем, когда я достигну места своего назначения и отдам приказы своим войскам отступить на север и отведу войска до прибытия подкреплений из России, те же самые газеты, которые сегодня поют мне гимны, будут задавать недоуменные вопросы, почему я задерживаюсь с битьем «макак». Моя звезда падет ниже и ниже, а когда я потерплю даже малые и неизбежные поражения, моя звезда, падая, достигнет горизонта. Вот здесь я и попрошу о помощи, ибо именно тогда я и начну наступление, в ходе которого я без жалости разобью японцев».
Однако в Маньчжурии Алексею Николаевичу пришлось сражаться не только с японцами. Главнокомандующим на Дальнем Востоке Николай II назначил тамошнего наместника адмирала Е.И. Алексеева (того, кто поместил свой флот в Порт-Артуре, а не во Владивостоке, и беспечно подставил его под японские удары). Внебрачный сын Александра II, Евгений Иванович был весьма влиятелен и обладал большими амбициями. Он настаивал на немедленном наступлении на дерзкого неприятеля и разгроме его, дабы проучить «макак» как следует. Куропаткину пришлось осуществлять свой план ведения кампании, преодолевая некомпетентные приказы адмирала, приводящие армию в подготовленные неприятелем ловушки. В оборонительных и вынужденных наступательных операциях он изматывал неприятеля, наносил ему большие потери, а при прорывах на своих флангах умело отходил, не давая себя окружить. Война для японцев затягивалась и уже не была молниеносной. Время работало на русских, постепенно подвозивших с запада все новые части. А в октябре Куропаткин обрел всю полноту власти — принял от Алексеева должность главнокомандующего вооруженными силами на Дальнем Востоке.
Сражение, которое должно было принудить русских начать переговоры и признать себя побежденными, японцы решили дать под Мукденом, уже после того как ими был взят Порт-Артур. Для двойного охвата русских позиций были задействованы с запада армия генерала Ноги (освободившаяся после осады Порт-Артура), а с востока вновь сформированная армия генерала Кавамуры. Мукденское сражение длилось с 21 февраля по 10 марта 1905 года. Однако маршалу Ояма (японскому главнокомандующему) новый Седан не удался. Обескровленная в многодневных яростных сражениях армия японцев не смогла прорваться на пути отхода русских. В создавшийся критический момент Куропаткин сумел избежать катастрофы. Русские снова отошли к северу и там после нескольких переходов закрепились на новых, Сыпингайских позициях. Большие потери понесли обе стороны (до ста тысяч). Но русские потери восполнялись. Если под Мукденом с русской стороны сражалось около 300 000 человек, то через несколько месяцев, на Сыпингайских позициях, их было уже в три раза больше. У японцев резервы были исчерпаны, после Мукдена они утратили свое прежнее превосходство в силах на суше. Стратегическая инициатива переходила к русским, осенью они были готовы к переходу в решительное наступление.
Бывший русский военный атташе в Париже граф Игнатьев вспоминал о своей беседе с японским коллегой, состоявшейся уже после окончания войны. Последний сказал: «Не скрою, что мы не ожидали такого затяжного характера войны. Еще меньше мы могли предвидеть, что, сохранив армию, вы сумеете довести ее численность к концу войны до миллиона людей…»