В 1707 г. разыгралась очередная такая комедия. Один из сторонников Лещинского, пан Тарло, не знал, что Мазепа уже связан с поляками, решил проявить инициативу. Прислал ему письмо, уговаривая перекинуться на сторону противника. Но гетману абсолютно не требовался Тарло и его посредничество. Мазепа переслал письмо в Москву канцлеру Головкину. Спрашивал, как ему поступить и как лучше ответить. Дошло до царя. Петр настолько доверял Мазепе, что оставил ответ на его усмотрение. Тот составил высокопарное послание — дескать, раньше звезды упадут на землю, а небо будет вспахано сохой, чем он отлучится «от любви пресветлейшего всемилостивейшего государя». Разумеется, копии были отправлены Головкину и царю.
Не лучшие отношения сложились у Мазепы только с Меншиковым. В 1706 г., когда русская армия от Гродно отступила на Украину, Александр Данилович командовал всей конницей, и гетманские казачьи полки тоже вошли в его подчинение. Царь поручил Меншикову оборонительные работы, через него шли приказы об укреплении Киева. Мазепе это страшно не понравилось. Он возмущался, почему он, высокопоставленный и заслуженный вельможа, должен подчиняться безродному выскочке? Конечно, он не давал воли чувствам. Наоборот, обращался к Меншикову подчеркнуто льстиво. Но Александр Данилович, видимо, почувствовал неискренность. Мазепу он тоже недолюбливал. Хотя в служебных отношениях это еще не сказывалось.
Но рядом с гетманом находился Кочубей. Он многое замечал. В Батурине появлялись тайком подозрительные люди. Иногда Мазепа в нетрезвом виде позволял себе крайне неосторожные высказывания. Кочубей посвятил в свои наблюдения свояка, полтавского полковника Ивана Искру (они были женаты на сестрах). В августе 1707 г. они отправили в Москву монаха Никанора с жалобой на гетмана. Монах подал ее в Монастырский приказ, оттуда был доставлен в Преображенский приказ, занимавшийся политическим сыском. А пока монах путешествовал, Кочубей с Искрой решили на всякий случай действовать другими путями. Отправили в Москву второго курьера, Петра Яценко. Он передал челобитную царевичу Алексею, а тот переслал отцу. Кроме того, они рассказали о происходящем ахтырскому полковнику Осипову — у слободских казаков было другое подчинение, Осипов доложил своему начальнику, губернатору Дмитрию Голицыну.
Однако у Мазепы в различных инстанциях имелись «свои» люди. Кто-то предупредил его об опасности. Он сразу же засуетился организовать противодействие. Состряпал обширное послание к царю. О том, как он изнемогает в трудах и болезнях, но клеветники не оставляют его в покое, готовы очернить даже память о нем, если он умрет. Как водится, выставлял себя верным из верных. А ради этой верности просил выдать доносителей ему. Обосновывал свою просьбу — если тайные и явные враги увидят наказание клеветников, то прекратят пакостить…
Но царь и сам пребывал в уверенности, что на Мазепу катят очередной поклеп. Он пообещал гетману, что не даст в обиду. А по закону за клевету полагалось такое же наказание, под какое хотели подвести оклеветанного. В данном случае, такое же, как за измену — смертная казнь. Царь поручил провести расследование канцлеру Головкину и вице-канцлеру Шафирову. Причем оба они были заранее убеждены, что Кочубей и Искра оболгали гетмана. Очень вероятно, что Мазепа еще и подогрел их убеждения взятками. Во всяком случае, известно, что Шафиров греб денежки очень охотно, а гетман после следствия горячо благодарил именно его.
В апреле 1708 г. Кочубея и Искру вызвали в Витебск, в расположение царских войск, арестовали. Свидетелей не привлекали, не заслушивали. Самих же доносителей уличили, что в их показаниях были некоторые разногласия, постановили пытать. Искру били кнутом, и он смалодушничал. Закричал, что «никакой измены за гетманом не знает». Ну а Кочубея даже истязать не пришлось. Ему только показали орудия пытки, и он скис, заюлил. Отказался от всех обвинений и «принес повинную», что никакими данными про измену не располагает. Объяснял жалобу, что хотел лишь отомстить за соблазненную дочь.
В общем, сами же противники Мазепы перечеркнули попытку вывести изменника на чистую воду. Дело выглядело совершенно очевидным. Царь в это время находился в Петербурге, ему доложили — «воры» сознались, и он успокоил Мазепу. Дескать, вскрылось «воровство и сплетенная ложь на тебя, верного нашего подданного». Но гетман дико боялся, что правда все-таки всплывет. Повторно просил выдать жертвы ему. Снова и снова настаивал, что у клеветников много подручных. Если же их казнить на Украине, у всех недоброжелателей заткнутся рты. Царь согласился. Кочубея и Искру привезли к гетману. 14 июля в местечке Борщаговке под Белой Церковью им отрубили головы…