Воинствующие националисты захватили власть и в Молдавии. И здесь их подпитывали не только западные спецслужбы, но и Румыния. В распаде СССР у нее разыгрались аппетиты вернуть Бессарабию, принадлежавшую ей с 1918 по 1940 годы. А еще и «Транснистрию», которую она оккупировала в Великую Отечественную. В 1990 году молдавский Народный фронт стал требовать «воссоединиться» с Румынией. Две центральных газеты в Кишиневе стали выходить с эпиграфом «Мы румыны – и точка!». Русских депутатов выгнали из Верховного Совета Молдавии. Но в республике жило много русских, украинцев, в Приднестровье они составляли большинство. «Румынизироваться» и «воссоединяться» с Бухарестом они совсем не желали. Создали свои органы власти, провозгласили Приднестровскую республику.
Весной 1992 года националисты решили реализовать свои планы. Румыния подкрепила их, прислала под видом «волонтеров» свои части спецназа. Молдавские воинские части и полиция ринулись на Приднестровье. Депутат парламента Молдовы поэтесса Леонида Лари взывала: «Пусть у меня будут руки по локоть в крови, но я вышвырну оккупантов, пришельцев и манкуртов за Днестр, я их выброшу из Транснистрии, и вы – румыны, настоящие хозяева этой многострадальной земли, получите их дома, их квартиры вместе с мебелью… Мы их заставим говорить по-румынски, уважать наш язык, нашу культуру».
Но приднестровцы дали отпор, а на помощь им хлынули добровольцы со всей России, казаки. На их стороне вмешались войска российской 14-й армии, невзирая на то, что правительство Ельцина приказало им сохранять нейтралитет. Молдаван разгромили, их формирования стали разбегаться и дезертировать. Начались переговоры при посредничестве России, и было заключено соглашение о прекращении военных действий. Для разделения сторон в Приднестровье остались российские миротворцы. Присоединение Молдавии к Румынии не состоялось.
Однако военный конфликт дополнился и церковным. Учитывая буйные националистические настроения республиканских правительств, Московская Патриархия в 1992 году предоставила автономию не только Украинской Церкви, но и Эстонской, Латвийской, и Молдаванской тоже. Тем не менее, Кишиневский епископ Петр (Пэдурару) в полной мере решил подстроиться к властям своей республики и к «общественности», ратовавшей за «воссоединения». С группой священников обратился в Румынский Патриархат, что переходит под его юрисдикцию. Там обрадовались, восстановили Бессарабскую митрополию, существовавшую в период румынской оккупации, и возвели Петра в митрополиты.
Московская Патриархия протестовала, с Румынской церковью крепко поссорилась и Бессарабскую митрополию не признала. Но румыны и не подумали отменять свое решение. А власти в Кишиневе протестов не услышали и предоставили новой митрополии официальный статус. В Молдове, таким образом, стало две церкви, румынская и русская. Соответственно, верующие разделились. Националисты стали ходить к румынам, русские и часть молдаван – в храмы РПЦ (в них богослужение ведется как на церковно-славянском, так и на молдавском языке).
Но не успели затихнуть бои в одном месте, как разгорелись в других, в Южной Осетии и Абхазии. Руководство Грузии культивировало ярый шовинизм и русофобию. Притесняли и национальные меньшинства, населявшие их республику. И надо сказать, что Грузинская Патриархия полностью поддерживала политику своего правительства. Богослужения на церковнославянском и русском языках на территории Грузии были запрещены, даже в русском женском монастыре. Из-за начавшихся гонений почти все русские священники и монахи покинули эту страну. Однако осетины и абхазы не смирились, проводили референдумы о выходе из состава Грузии, присоединении к России. Но они не получили поддержки ни Горбачева, ни Ельцина. А грузины развернули карательные операции, двинули на них войска.
На помощь снова потекли добровольцы из разных мест. Южная Осетия отбилась. Из Абхазии вторгшихся грузин выгнали прочь. Ельцин опять выступил посредником, были заключены перемирия. Но Борис Николаевич по-прежнему шел на поводу у Запада, подыгрывал грузинскому президенту Шеварднадзе. Поэтому в соглашениях оговаривалось «сохранение территориальной целостности Грузии». Обе республики остались непризнанными. В отношении Абхазии были введены международные санкции, запрещавшие торговые, финансовые, дипломатические отношения, транспортное сообщение с ней на государственном уровне – и Россия присоединилась к этим мерам.