Но выполнять и не подумал. Вернувшись в Киев, «забыл». А боевики снова взялись за священнослужителей, воспротивившихся расколу, они вынуждены были проводить свои встречи тайком. Тогда Синод РПЦ предписал созвать украинский Архиерейский Собор, а Филарета опять вызвал в Москву. Он в Патриархию не поехал и решение о Соборе проигнорировал. Но Алексий II и Синод настояли на своем, поручили созыв Собора митрополиту Харьковскому и Богодуховскому Никодиму (Руснаку). Он был старейшим из епископов Украины по времени поставления. Однако обращение к нему имело и практический смысл. В Харькове большинство населения было русским, националисты здесь не имели опоры.
В мае 1992 года в Покровском монастыре в Харькове съехались 18 из 21 украинских епископов. Не явились сам Филарет и два западных иерарха, из Львова, Андрей (Горак), и Тернополя, Иаков (Панчук), оба поддержали раскол. Собор постановил низложить Филарета (Денисенко) и запретить в церковном служении. Избрал нового главу Украиныской Церкви Хотя во время заседания, как вспоминал епископ Алипий (Погребняк), харьковского митрополита Никодима постоянно вызывали к телефону, угрожали, он возвращался бледный. Во время выборов он пошел отвечать на очередной звонок. Сказал: «Можете за меня не голосовать. Я отдаю свой голос митрополиту Ростовскому Владимиру». Его и избрали предстоятелем Украинской Церкви.
Но Филарет решений Харьковского Собора не признал. Ведь на его стороне был президент Кравчук, были толпы бандитов УНА-УНСО. Летом 1992 года в Киеве провели свой, альтернативный «собор». Провозглашалось создание независимой церкви, «Киевского патриархата». Однако националисты считали «своей» вовсе не Киевскую митрополию Филарета. Для них «своими» были «автокефальники»! Так что и собор пришлось проводить вместе с ними. Новая церковь сразу разрослась за счет тех священников и прихожан, которые отделились в годы «перестройки», ушли в УАПЦ. Но и место «патриарха» Филарету снова не досталось. На выборах буйные делегаты «щирых украинцев» провели своего кумира, племянника Петлюры Мстислава Скрыпника.
Избрали его заочно, он приехал из Канады, разыграли «интронизацию». Но Кравчук был совсем не в восторге от такого поворота. С Филаретом он отлично сработался. Позже в украинской прессе публиковались сообщения, что как раз через счета Киевской митрополии Кравчук перевел куда-то деньги компартии Украины. А зарубежный гость был ему совершенно без надобности. Подключились службы киевского президента, и против Мстислава стали всплывать всякие обвинения. Из Канады, где он обретался раньше, поступили жалобы на финансовые махинации, на исчезнувшие деньги, собранные на постройку храма. А из архивов выкопали, что Мстислав Скрыпник в 1930-е годы сотрудничал с польской контрразведкой и полицией, выдавал им активистов ОУН. В результате раздутых скандалов он вынужден был сложить с себя сан и уехать.
Следующего «патриарха» тоже выдвинули УНА-УНСО и «автокефальники». Василия Романюка, бывшего бандеровца, отсидевшего 10 лет в лагерях. Второй раз его посадили в 1972 году на 7 лет – и вполне вероятно, что к этому приложил руку агент «Антонов», Денисенко. Во всяком случае, отношения у них сложились далеко не лучшие. Но фактически в «Киевской патриархии» заправлял Филарет. Кравчук проворачивал с ним взаимовыгодные махинации. Выделял для церкви крупные суммы из государственного бюджета, а Филарет перераспределял их, куда следует. Под «крышей» «патриархата» возникли коммерческие структуры, занимались беспошлинным ввозом на Украину автомашин, компьютеров, а за рубеж перепродавали металлолом, газ, нефть (украденные из российских газопроводов и нефтепроводов).
В 1995 году «патриарх» Романюк узнал, что со счетов Киевской епархии пропало 3 млрд. гривен. Назначил проверку, пригрозив Филарету увольнением. Но перед проверкой Романюка нашли в городском саду мертвым с переломанными ребрами. А рядом обнаружили нескольких женщин из окружения Филарета. Они уверяли, что «патриарху» стало плохо, и они пытались оказать помощь, делали непрямой массаж сердца. Причиной смерти признали сердечный приступ, и уголовное дело было прекращено без всяких экспертиз. А Денисенко наконец-то получил вожделенный сан «патриарха». Но при этом «автокефальники» снова отделились от него. Хотя и не все, только часть. Но «Киевский патриархат» и УАПЦ стали отдельными «церквями».