Находясь с молодых лет в идейном эсеровском окружении (кроме будущего мужа, эсерами были ее кузены Михаил и Абрам Гоцы, Михаил Цетлин; ближайший друг, беззаветно и преданно любивший ее всю жизнь, Владимир Зензинов; Николай Авксентьев, первый муж Маши Тумаркиной-Цетлин, и др.), Амалия Фондаминская сама в революционном движении не участвовала, членом партии социалистов-революционеров не была, хотя в сентябре 1905 г., перед самым Октябрьским манифестом, была арестована за связь с Зинаидой Коноплянниковой, террористкой, убившей командира Семеновского полка Г. Мина. Ее заключили в московскую Таганскую тюрьму, где, по словам В. Зензинова, «несмотря на всю свою избалованность», она держала себя «замечательно – с администрацией была очень горда, с товарищами – мила, и поэтому все в тюрьме ее уважали и любили».