Предсмертная болезнь Фёдора продолжалась недолго. 16 апреля 1682 г., в день светлаго Воскресения, он ещё совершал торжественный выход к заутрени в Успенский Собор, а 27 числа к вечеру его уже не стало.
Всего лет жития его было 20 лет и месяц, всего царствования 6 лет 3 месяца.
Царь Феодор Алексеевич царствовал шесть лет, два месяца и двадцать шесть дней. Кончина его последовала 1682 года апреля 27-го числа.
И по обычаю, когда смерть случается коронованной главе или крове их, ударено было в соборной большой колокол трижды для знаку народного.
В день смерти его, по услышании его кончины была Москва в таком горестном состоянии, как Рим по смерти Титовой: рыдала Москва, и вся потом Россия омывалася слезами.
Государственный младенец
По смерти же блаженные памяти великого государя царя и великого князя Феодора Алексеевича в государском доме их царского роду осташася братия его, благоверный государь царевич и великий кннязь Иоанн Алексеевич, благоверный государь царевич и великий кннязь Пётр Алексеевич; и его государя царевича мати, царица Наталия Кириловна роду Нарышкиных, и великого государя царя и великого князя Феодора Алексеевича царица Марфа Матфеевна рода Опраксиных; да тётки ево государевы благородные государыни царевны и великие княжны Анна Михайловна, Татиана Михайловна; и его государевы сёстры благородные государыни царевны и великия княжны Евдокея Алексеевна, Марфа Алексеевна, София Алексеевна, Екатерина Алексеевна, Мария Алексеевна, Феодосия Алексеевна, Наталия Алексеевна.
Смерть царя Фёдора с первого же разу возбудила важный вопрос: кто будет царём? Положение было почти такое же, как по смерти Грозного. Из двух царевичей, старший Иван был слабоумен, болезнен и вдобавок подслеповат, младший Пётр был десяти лет, но выказывал уже необычайные способности. Возведение Ивана на престол повлекло бы за собою на всё время его царствования необходимость передать правление в чужие руки и, естественно, прежде всего, усилило бы значение власти Софьи, как самой умной из особ царской фамилии. Избрание Петра потребовало бы также боярской опеки на непродолжительное время.
Государственное право тогдашней России заключало в себе пробел: недоставало закона относительно престолонаследия.
После смерти Феодора царя приходилось избирать, потому что не было законом установленного престолонаследия.
В таком положении были дела, когда умер Феодор.
Достойно внимания, что за несколько лет до этих событий известный «Серблянин» Юрий Крижанич в своих сочинениях, писанных для царей Алексея и Фёдора, указывал на необходимость определения точных правил о престолонаследии как на единственное средство отвратить ужасную опасность, грозящую государству при каждой перемене на престоле. Он говорил о несчастьях, постигших Россию в начале XVII века от недостатка точного и ясного закона о престолонаследии, указывал на смуты, случившиеся на Западе после кончины Людовика Благочестивого (в 840 году), причем, старался обращать внимание читателей на опасность, заключающуюся в предпочтении при замещении престола младших братьев старшим. Крижанич выставляет на вид, что нужно самым точным образом предварительно определить меру умственной или физической слабости, исключающей для наследника возможность вступления на престол. Вся эта аргументация учёного публициста обставлена примерами из истории различных народов. Особенно любопытно замечание, что подобные пробелы в государственном праве дают войску возможность вмешиваться в решение вопроса о престолонаследии, причем указано на образ действий янычар в Турции, преторианцев в Риме. Рассуждения Юрия Крижанича оказались как бы пророчеством событий 1682 года. Борьба за престол являлась неминуемой.