Первое, что принадлежит до получения ей короны, оная царевна начала ходить во все процессии церковныя и публичныя с братьями своими, что было противно царю Петру Алексеевичу. И единожды так публично вражда случилася, что был ход к Казанской Богородице, и сперва, по обыкновению, пришли оба государи и она, царевна София Алексеевна, в соборную церковь, откуль пошли в ход. И вышед из соборной церкви, царь Пётр Алексеевич просил сестру свою, чтоб она в ход не ходила. И между ими происходило в словах многое. И потом царь Пётр Алексеевич понужден был, оставя ход, возвратиться в свои апартаменты, понеже сестра его, царевна Софья, не послушала и по воле своей в ход пошла с братом своим царём Иоанном Алексеевичем.
Софья прежде всегда участвовала в подобных крестных ходах, вместе с обоими царями, как правительница государства. Пётр на этот раз послал ей сказать, чтобы она не ходила: это имело такой смысл, что Пётр уже не считал её правительницей…
Через несколько дней сама Царевна София призывала к себе несколько доверенных стрельцов, и жаловалась, что Царица Наталья Кирилловна, с братьями и князем Борисом Голицыным, затевает бунт, и Патриарх с ними за одно: чем бы ему уговаривать, а он только мутит. Шакловитый прибавил: для чего бы Князя Бориса и Льва Нарышкина не принять? Можно бы принять и Царицу. Известно тебе, Государыня, каков ея род, и какова в Смоленске была: в лаптях ходила. «Жаль мне их», сказала Царевна, «и без того их Бог убил». Воля твоя, Государыня, отвечали стрельцы; что хочешь, то и делай.
Властолюбивая царевна, считая себя самодержавной государыней (maitresse absolute) из-за несовершеннолетия своего брата Петра и неспособности своего брата Ивана, который и говорит-то, и передвигается с трудом, захотела полностью прибрать к рукам и утвердить за собой власть. Оставалось только одно небольшое препятствие – жизнь Петра. Вот тут-то она и приняла окончательное решение избавиться от него и поручить (charger) это дело некоему Фёдору Шакловитому, руководителю Стрелецкого приказа, который благодаря поддержке царевны из подьячего (un petit escrivain) стал окольничим, или оруженосцем, – чин, следующий сразу за думным боярином (apres le boyar senateur).
Выходило, что развязка потаённой борьбы с братом близилась к концу. Софья вела уже решительные переговоры с стрельцами. 27 июля [1689], на праздник иконы Смоленской Богородицы Одигитрии (путеводительницы, крепкой помощницы) она ходила, по обычаю в Новодевичий монастырь ко всенощной, окружённая пятисотными и пятидесятниками от всех стрелецких полков; по окончании службы, в 4-ом часу ночи, подозвав стрельцов, царевна жаловалась им на царицу Наталию Кириловну: «И так беда была, – говорила Софья, – да Бог сохранил; а ныне опять беду зачинает. Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стойте; а буде не годны, мы оставим государство». Стрельцы отвечали: «воля ваша! Мы повеление твоё исполнять готовы; что велишь делать, то и станем». – «Ждите повестки», – сказала царевна. 4-го августа ночью она переговаривалась с стрельцами в верхних хоромах, у самаго терема, и говорила им: «Долголь нам терпеть? Уж житья нашего не стало от Бориса Голицына (кравчаго у Петра) да от Льва Нарышкина. Царя Петра они с ума споили; брата Ивана ставят ни во что; комнату его дровами закидали; меня называют девкою, как будто я не дочь царя Алексея Михайловича; князю Василью Васильевичу (Голицыну) хотят голову отрубить, а он добра много сделал: Польский мир учинил… Радела я о всячине, и они всё из рук тащат. Можно-ль на вас надеяться? Надобны-ль мы вам? А буде не надобны, мы пойдём себе с братом, где кельи искать». Такой же разговор с стрельцами по ночам у своего терема она вела во всё это тревожное время.
С давних пор Преображенское и Кремль был настороже один против другого, наблюдая один за другим, подозревая и обвиняя друг друга в воображаемых покушениях. За месяц перед тем, когда Софья приехала к Петру в лагерь по случаю водоосвящения в Яузе, её сопровождали триста стрельцов; через несколько дней, когда Петр приехал в Кремль поздравить с праздником свою тетку, Анну Михайловну, Шакловитый поставил на Красном крыльце для наблюдений пятьдесят верных солдат.