Предки ея были родом из Золотой Орды.
О роде Апраксиных сохранились следующия известия в бумагах адмирала Ф.М. Апраксина: «К великому князю Олегу Рязанскому, сопернику Димитрия Донскаго, выехал из Золотой орды потомок ордынских владетелей Солохмир, принявший св. крещение с именем Иоанна и получивший руку родной сестры Олеговой, Анастасии, и за которою великий князь дал ему в удел Веневу, Михайлов Верх, Дереив и Безлуцкий стан. У Солохмира были дети Григорий, Иоанн Кончен и Михайло, служившие князьям Рязанским в боярах. Сын Иоанна Кончена Андрей, прозвашем Апракса, был родоначальником фамилии Апраксиных. Внуки его, Ерофей Ярец и Прокофий Апраксины, перешли в службу государю Московскому Иоанну Васильевичу (Великому) и получили от него отчины в Муроме, Владимире, Заполье, Стародубе; а преемник Иоанна дал Прокофию Апраксину город Гороховец. Внук Ерофея Ярца Пётр Никитич служил воеводою в Московское разорение (в смутное время). Сын Петра Никитича Василий, при царе Алексее Михайловиче, был воеводою в Севске. Сын Василия Петровича, Матвей Васильевич, также служил государю и убит Калмыками в 7176 (1668) году. После Матвея Васильевича остались сыновья Пётр, Фёдор и Андрей, бывшие комнатными стольниками при царе Феодоре Алексеевиче, и дочь Марфа Матвеевна, вторая супруга царя Феодора.
Эта Мария была крестной дочерью Артемона [Матвеева]. Она била челом своему мужу царю, чтобы вернуть из ссылки из Верхотурья Артемона.
И того ж дня послан курьер с указом на Пустоозеро к Артамону Сергеевичу Матвееву и оттуль из ссылки взят.
И истина Божия, освобождающая от всех бед человеческих, хотя также ненавистию жестоко утеснялася, однако ж до конца не испровергалась, ибо он же, царь Феодор Алексеевич, пред своею кончиною в здравое и правосудное пришедше рассмотрение, по прирождённой ему милости, по другом браке с государынею царицею Марфою Матвеевною, из фамилии господ Апраксиных, повелел его, боярина Артамона Сергеевича, и сына его честно из заточения освободить, и перевесть в ближний к Москве город Лух, и дать ему вотчину из дворцовых сёл Верхний Ландель, состоящий в 700 дворах, и московский дом его, и прочие вотчины, за раздачею бывшие, также и пожитки, за продажею оставшие, по-прежнему ему возвратить, и жить в помянутом городе свободно до будущего своего указа.
…Молодая царица в короткое время приобрела столько силы, что примирила царя и с Натальей Кирилловной и царевичем Петром, с которыми, по выражению современника, у него были «неукротимые несогласия».
Но после этой свадьбы болезнь Феодора усилилась…
Супружеское общение с 15-летней девушкой, вдобавок к бремени реформ и государственного управления, оказалось непосильной ношей. Царь слёг, и только 21-го сумел принять придворных с поздравлениями, а 23-го царь и царица дали свадебные «столы».
Когда в феврале 1676 в. царь Феодор был болен его осматривали: доктор Яган Костериус (или Розенбург), Лаврентий Блументрост, Степан фон Гаден (или Даниил Иевлевич Фунганданов), Михаил Граман; медицина (или хирург) Симон Зоммер; аптекари: Яган Гутменш (или Гуттер Менсх) и Христиан (или Крестьян) Еглер.