В образовавшейся в результате этих процессов договорной федерации было множество противоречий, связанных со статусом ее частей: декларация о равенстве субъектов противоречила более высокому статусу республик, по сравнению с краями и областями, так называемому «матрешечному» характеру, когда одни субъекты были территориально включены в другие субъекты. Кроме того, не были четко закреплены полномочия центра и регионов, региональное законодательство противоречило федеральному, все больше различалось финансовое состояние регионов-доноров и регионов, не обладающих ресурсами. Центр в условиях низких цен на энергоносители не мог компенсировать бедным регионам эту разницу.
Но после выборов Государственной Думы с 1993 года эти проблемы начали постепенно законодательно регулироваться, и стал возникать, пусть и пока несовершенный, но федерализм.
С приходом к власти Владимира Путина в 2000 году одним из его первых шагов стала федеративная реформа, направленная на ограничение самостоятельности глав регионов и унификацию их властных структур. В 2004 году, после событий в Беслане, где школа была захвачена чеченскими террористами, были отменены выборы губернаторов. Выборность была возвращена лишь в 2012 году, но с существенными ограничениями, т. н. муниципальным фильтром: необходимостью сбора подписей муниципальных депутатов, большинство из которых – члены правящей партии «Единая Россия». Стали практиковаться снятия губернаторов президентом и назначение исполняющих обязанности, которых потом и выбирали. Одновременно отказались и от выборности мэров, перейдя на систему назначаемых сити-менеджеров. В 2017—18 годах администрация президента начала кампанию по смене губернаторов, многие из которых занимали должности десятки лет, на новых «молодых технократов», которые не были связаны с регионами и проходили специальную подготовку, организованную администрацией президента. Страна стала управляться из центра, регионы потеряли самостоятельность. Оставаясь формально федерацией, Россия превратилась в унитарную страну.
Отношения центра и периферии в советский и постсоветский период сохраняли свою специфику: экономически сильный центр, инициирующий с большим или меньшим успехом модернизационные процессы, полупериферия – города миллионики и отсталая и бедная периферия, похожая на колонии и сохраняющая свои этно-конфессиональные особенности. Наталья Зубаревич112
пишет о существовании «четырех Россий»: столиц и городов-миллиоников, провинции и традиционалистской, включающей этнические республики и дотационной провинциальной России с малыми городами и селом. Агломерации вокруг столиц и больших городов бурно развиваются, а остальные регионы не только остаются дотационными, но и деградируют, разрыв между лидерами и отстающими становится непреодолимым. Части страны движутся по разной временной оси: одни – в будущее постмодерна, другие – в традиционалистское прошлое113. Особенно отчетливо это видно на примере республик Кавказа, где происходит демодернизация, практикуются убийства чести, женские обрезания и жизнь идет не по законам, а на основе неформального права, адатов. Это зоны, живущие фактически вне правового поля при одном условии: сохранении верности Президенту. Кланы и тейпы играют большую роль, чем формальные властные институты.Одновременно проводилась модернизация и демократизация: внедрение современных институтов, урегулирование отношений с Западом, в т. ч. путем заключения соглашений и международных договоров, вхождение России в ОБСЕ, Парламентскую ассамблею Совета Европы, ВТО.
При партнерских отношениях с США, ЕС, другими странами взаимодействие с осколками империи существенно различались. Бывшие республики в большей или меньшей степени старались избавиться от патронажа бывшей метрополии. Страны Балтии взяли курс на вступление в ЕС и были приняты в уже в 2004 году и образовали в европейских структурах, солидаризуясь с Польшей, странами Северной Европы и Великобританией, антироссийский альянс, жестко критикуя позиции России, особенно – в спорных ситуациях. Украина, сохраняя отношения с Россией, все больше ориентировалась на европейских партнеров. В Молдове влиятельные силы выступали за воссоединение с Румынией и получали румынские паспорта. Белоруссия, у которой формально существовало совместное с Россией союзное государство, периодически апеллировала к Европейскому Союзу. Армения, ведя военные действия в Нагорном Карабахе, ориентировалась на военную поддержку России в конфликте с усиливающимся Азербайджаном, который укреплял свои отношения с Турцией. Грузия все больше отдалялась от России, сближаясь с США. Казахстан, поддерживая дружеские отношения с Россией, развивал отношения с Китаем и США. Узбекистан все больше ориентировался на Китай.