Местный Совет в телеграммах, разосланных во все стороны, в ярких красках описал это действие чехо-словаков. Поверив полученной информации, Совет народных комиссаров издал приказ о полном разоружении всех чехо-словацких эшелонов. Одновременно были отданы приказы Советам всех городов, где в то время находились наши эшелоны, выступить против них силой. Соответственно, почти в тот же день советские войска, состоявшие в основном из мадьярских и немецких военнопленных, обрушились на чехословацкие эшелоны, которые были почти полностью разоружены. При нападении на эшелоны шестого чехо-словацкого полка в Марьяновке под Омском чехо-словаки понесли потери в десять убитых и десять тяжелораненых. Штаб Первого полка, эшелон которого был атакован под Златоустом, защищался камнями от пулеметов и винтовок большевиков, но потерял шесть человек убитыми и десять тяжелоранеными, и был вынужден перебираться через Урал пешком. Аналогично штаб Второй артиллерийской бригады был атакован в Имокентьеске, под Иркутском, когда они уже сдали оружие. Пулеметы, установленные в окнах железнодорожной станции, открыли сильный огонь по чехо-словакам, но, несмотря на то, что у бойцов не было никакого оружия, кроме нескольких ручных гранат, им удалось очистить станцию от большевистских войск и захватить их пулеметы. Четвертая атака была предпринята в Серодобске, к югу от Пензы. Все эти атаки были совершены 27 мая и в последующие два-три дня сразу после выхода приказа из Москвы о разоружении чехо-словаков любой ценой. До этих событий, но уже после первого инцидента в Челябинске, Собрание чехо-словацких солдат собралось на свое ежегодное заседание и решило, что в связи с напряженной ситуацией, сложившейся между советским правительством и чехо-словаками, необходимо немедленно принять энергичные меры, чтобы обеспечить быстрое прохождение поездов в направлении Владивостока. В связи с этим во все эшелоны были направлены делегаты с указаниями продолжать движение любой ценой, и был назначен исполнительный комитет, который должен был следить за выполнением этих планов. При разработке своих планов исполнительный комитет учитывал вероятность вооруженного конфликта с большевистскими силами, но считал, что они были уверены, что смогут прорваться во Владивосток, несмотря на любое сопротивление, которое могут оказать советские войска. Причина их уверенности в успешном исходе их нового плана заключалась не только в известной слабости Красной армии, но и в том, что они знали, что народ в целом устал от большевистского правления, и что поэтому он не протянет руку помощи большевикам в любом возможном конфликте с чехо-словаками. Кроме того, чехословаки, хорошо зная политическую обстановку в России, считали, что настроения против большевиков наиболее сильны именно в тех регионах, где находится большинство их эшелонов, а именно на Урале и в Западной Сибири. Поэтому исполнительный комитет, планируя свои действия, принял во внимание эти факты и планировал воспользоваться как слабостью Красной армии, так и сильным народным чувством против большевиков, чтобы пробить себе путь на Восток. То, что их действия будут сопровождаться или последуют за свержением советского правительства и установлением нового правительства в Западной Сибири, никогда не входило в их расчеты, хотя позже, когда падение советского правительства стало свершившимся фактом, чехо-словаки первыми приветствовали новое правительство и оказали ему моральную и вооруженную поддержку.
Планы исполкома по форсированию перехода во Владивосток еще не были до конца проработаны, когда события 25 мая поставили точку. Своими подлыми нападениями на чехо-словацкие эшелоны Советское правительство начало войну против чехо-словаков, целью которой было, по указанию Троцкого, разоружить и распустить чехо-словацкий армейский корпус, поместить его в тюремные лагеря и там попытаться призвать его в ряды Красной армии или отправить на каторгу. Короче говоря, они хотели полностью уничтожить чехо-словацкую армию, эту важную моральную опору революционного движения Чехословакии и других угнетенных национальностей Австро-Венгрии.
После первого приказа о полном разоружении чехо-словацких эшелонов еще оставалась возможность дипломатических переговоров. Но после нападения на эшелоны 25-26 мая душа каждого солдата взывала к мести за кровь своих невинных товарищей. И тогда не оставалось ничего другого, кроме войны, войны, которая уже привела к захвату чехо-словаками почти всей Сибирской железной дороги и падению Советского правительства на всем ее протяжении.