Во время высадки американского десанта на Окинаву японское командование располагало всего тремя готовыми к боевым действиям средними подводными лодками, вооруженными обычными торпедами. Опыт использования подводных лодок с человеко-торпедами показал, что попытки прорваться к якорной стоянке на Окинаве обречены на провал. Поэтому подводные лодки "RO-46", "RO-50" и "RO-109" получили приказание действовать на американских морских сообщениях в радиусе 200 миль от Окинавы. Но успех и этих лодок был не большим, чем успех подводных лодок, вооруженных человеко-торпедами. Подводная лодка "RO-46" была направлена в район Китадайто-Сима. 17 апреля она послала донесение и после этого пропала без вести. Подводную лодку "RO-109", которая патрулировала в районе, расположенном в 200 милях южнее Окинавы, 25 апреля потопил быстроходный транспорт "Хорейс А. Бэсс". "RO-50" обнаружила авианосное соединение противника, но не смогла атаковать его и 4 мая возвратилась в Японию.
Захват американскими силами Окинавы привел к тому, что Японская империя оказалась разделенной на две части. Морских коммуникаций между ними фактически не было. Так, в Южно-Китайском море, севернее Сайгона, японское судоходство почти полностью прекратилось. Поэтому японское командование стремилось сохранить морские коммуникации между Голландской Восточной Индией и Малайей. Перевозка грузов осуществлялась в основном небольшими парусниками и каботажными судами, совершавшими переходы главным образом по мелководью. Правда, здесь Япония имела несколько крупных судов. Кроме того, в Сингапуре находились крейсера (два из них были повреждены и выведены из строя) и ряд кораблей легких сил. Когда обстановка стала особенно тяжёлой, японское командование эти корабли использовало в качестве транспортов.
Английские и голландские подводные лодки, базировавшиеся на Тринкомали, продолжали патрулировать в Малаккском проливе и у западного побережья полуострова Малакка. Следует заметить, что указанные районы патрулирования находились на довольно значительном расстоянии от Тринкомали, что создавало для этих сравнительно небольших лодок дополнительные трудности. Яванское море и Сиамский залив в этом отношении представляли собой более подходящие районы для действий лодок. В апреле из Тринкомали во Фримантл под командование Файва перешли еще несколько английских и голландских подводных лодок. К концу войны в составе подводных сил юго-западной части Тихого океана имелись 21 английская и 4 голландские лодки.
В апреле контр-адмирал Файв начал переразвёртывание своих сил в район залива Субик (остров Лусон).
20 апреля английская плавучая база подводных лодок "Мэйдстоун" вышла из Фримантла на Лусон, а 15 мая на Лусон передислоцировался походный штаб Файва. Еще в апреле Локвуд принял на себя общее руководство подводными силами юго-западной части Тихого океана, но это почти не сказалось на боевом использовании подводных лодок, поскольку в оперативном отношении они полностью подчинялись Файву. С целью спасения летчиков на случай аварийной посадки армейских самолетов, вылетавших для бомбардировок объектов в Китае и на Формозе, район между Формозой и Лусоном был включен в операционную зону подводных сил Файва. Со временем необходимость держать большое число американских подводных лодок в Южно-Китайском море отпала, и часть их была переведена в центральную часть Тихого океана.
В начале апреля японское командование решило использовать легкий крейсер "Исудзу" в качестве транспорта. 4 апреля "Исудзу", который шел в охранении четырех эскортных кораблей, в районе Патерностерса, расположенного к северу от Сумбавы, встретила "волчья стая" из трех подводных лодок — "Чарра", "Гэбилана" и "Бесуго". Правда, ни одной из лодок стаи не удалось атаковать противника. Попытки преследовать соединение также окончились неудачей из-за противодействия авиации. Ночью "Бесуго" проследовал за японским соединением в пролив Сапе и потопил тральщик.
Через двое суток подводные лодки "Чарр" и "Гэбилан" снова обнаружили крейсер "Исудзу" и, обменявшись по радио информацией о противнике, вышли на позицию атаки. Радиопереговоры между ними привлекли в их район английскую подводную лодку "Спарк". Ночью в надводном положении "Гэбилан" атаковал и повредил крейсер. А на рассвете "Чарр" из подводного положения атаковал его и потопил. Подводная лодка "Спарк" находилась в готовности к атаке на случай неудачи у "Чарра". "Исудзу" был девятым и последним легким крейсером, потопленным американскими подводными лодками.