Главный японский морской штаб в общих чертах рассмотрел план вторжения в Северную Австралию, чтобы не допустить развертывания массированного воздушного наступления на Японию, которое, как предполагали в Японии, будет осуществляться с этого континента. По подсчетам, произведенным командованием японской ар-, ми и, для этой цели ей потребовалось бы десять дивизий. Судов не хватало для перевозки и половины этих войск, даже если бы армия и имела указанное число дивизий По тем же причинам был отвергнут план японского вторжения на Гавайские острова. При этом учитывалось, что на переходе к Гавайям большое число японских судов в течение длительного времени будет подвергаться атакам американских подводных лодок. Учитывая ограниченные возможности материально-технического обеспечения войск на последующем этапе войны, было признано наиболее целесообразным продвижение с постепенным захватом островов. Удар предполагалось наносить через Соломоновы острова, острова Фиджи и Самоа с целью перерезать американские коммуникации с Австралией.
Штаб Объединенного японского флота пришел к совершенно противоположным выводам. Там были очень обеспокоены уязвимостью Японии в результате возобновления рейдов американских авианосных сил из центральной части Тихого океана. В штабе Ямамото считали, что для защиты Японских островов первостепенное значение имеет продвижение на восток. В итоге штаб Объединенного флота выдвинул план захвата атолла Мидуэй, самой западной американской базы в центральной части Тихого океана. В японском военно-морском флоте шла жестокая борьба между сторонниками этих двух стратегических концепций. В конце концов одержала верх точка зрения штаба Объединенного японского флота. 16 апреля император Японии одобрил план нападения на Мидуэй.
Рано утром 18 апреля 16 американских армейских бомбардировщиков В-25 стартовали с палубы авианосца "Хорнет" с целью Нанесения бомбового удара по Токио. Этот налет подтвердил, что опасения, касающиеся возможности налетов авианосной авиации на Японию, были обоснованными.
В день налета на Токио подводная, лодка "Трешер" патрулировала южнее Токио. "Трешер" находился здесь уже несколько дней, ведя метеорологические наблюдения. В Японии знали о присутствий американской лодки в этом районе, поскольку здесь было потоплено японское судно. В ночь на 16 апреля Андерсону (командир "Трешера") предстояло решить специальную задачу. Он покинул свою позицию, чтобы ввести противника в заблуждение, и передал по радио донесение с данными метеорологических наблюдений. Это донесение имело серьезное значение для адмирала Хэлси, который с авианосцами "Хорнет" и "Энтерпрайз" находился в нескольких сотнях миль к востоку.
Урон, причиненный Японии в результате первого в ее истории воздушного налета, был невелик по сравнению с результатами многих других налетов, которые ей пришлось испытать позднее. Однако этот первый налет сильно взволновал японцев. Через пролив Бунго из Внутреннего Японского моря вышел 2-ой флот, только вернувшийся из напряженного похода, который знаменовал собой конец первой фазы войны. С аэродромов острова Хонсю в воздух поднялись бомбардировщики. Все имевшиеся подводные лодки были высланы в море для преследования уходивших американских авианосцев. Вышедшее в Тихий океан через пролив Лусон оперативное соединение Кидо Бугаи также начало поиск противника в водах южнее Японских островов. Было отсрочено выполнение боевых задач авианосцами "Секаку" и "Дзуйкаку" и сокращено время подготовки к выходу в море других авианосцев. Но, несмотря на все эти меры, Хэлси беспрепятственно ушел.
В конце первой фазы войны все японские подводные лодки ушли из Индийского океана и вод Голландской Индии. В середине апреля оперативное соединение, состоявшее из подводных лодок "I-10", "I-16", "I-18", "I-20" и "I-30" и вспомогательных крейсеров "Хококу-мару" и "Айкоку-мару", вышло из Японии в Джорджтаун (Пенанг), где три из этих подводных лодок должны были принять на борт сверхмалые подводные лодки, чтобы затем следовать на выполнение боевого задания к Диего-Суарес (Мадагаскар), где базировалась часть британского Дальневосточного флота. Используя возможность приема топлива в море, "I-30" должна была из Мадагаскара идти на юг, обогнуть мыс Доброй Надежды и через Атлантический океан прибыть в Германию.