Партизанское движение после провала «Блицкрига» приняло массовый характер. НКВД было просто не под силу, руководить им. У нас вместе с Разведупром Красной Армии были свои важные задачи организация диверсионной войны в глубоком тылу, противодействие спецслужбам, немцев и проникновение в их боевые порядки. Массовое же движение могло быть возглавлено только той структурой, которая опиралась бы на все ветви власти в стране. Таким органом стал Центральный штаб партизанского движения во главе с Н. Пономаренко, который задействовал громадный потенциал партийного аппарата и актива, а также представителей военного командования и НКВД. После того как руководить партизанским движением стал Центральный и местные штабы партизанского движения, одной из основных форм работы НКВД— НКГБ явилось направление на базы действовавших в тылу противника партизанских отрядов специальных оперативных групп НКВД — НКГБ и отдельных оперативных работников. Делалось это, прежде всего, конечно, исходя из оперативной обстановки. Но при этом партизанским отрядам оказывалась действенная помощь в организации агентурно-разведывательной работы и агентурной подготовки боевых операций. Постепенно сравнительно небольшие по численности оперативно-боевые группы выросли в крупные партизанские соединения. В тыл противника с заранее определенными заданиями выводились оперативно-чекистские, диверсионно-разведывательные группы и отряды. Действуя на оккупированной территории, они значительно пополняли свои ряды за счет местного населения и военнопленных, бежавших из лагерей. Выполняя задания по разрушению коммуникаций и стратегических объектов врага, эти группы и отряды в чрезвычайно тяжелой обстановке прошли громадные расстояния и своей деятельностью охватили большую территорию, оккупированную немцами и их союзниками. Оперативная группа майора госбезопасности С. Волокитина эффективно действовала в тылу против так называемой испанской «Голубой дивизии». Были добыты важные данные о планах и задачах испанских фашистских легионеров Франко, посланных в подмогу Гитлеру на Восточный фронт. Мне запомнились смелые и рискованные, но оправданные рейды по тылам франкистов Симона Кримкер (будущий нелегал советской разведки «Мира» в Аргентине и в Чехословакии в 1947–1956 годах), Хусто Лопеса («Патрик»). Вместе с тем неудачными были наши операции против венгерских сателлитов Гитлера. Героически погибла от рук венгерских фашистов оперативная группа Р. Патаки. Так же, несмотря на героизм, не принесли ощутимых результатов наши усилия в Крыму. Оперативные группы А. Арапова, В. Калошина, хотя и добыли важную информацию, не смогли стать опорой для развития партизанского движения. Погибла и была частично перевербована немцами опергруппа Араджанова.
Еще в начале войны во время отхода частей Красной Армии было оставлено большое количество агентуры на территории, находящейся под угрозой немецкой оккупации. Например, НКГБ Украины в это время было оставлено в тылу противника почти 13 тысяч агентов. В первые два года войны через линию фронта во вражеский тыл были заброшены около четырех тысяч человек. Члены этих групп и отрядов, а также завербованная ими на месте агентура успешно осуществили многочисленные диверсионные акты и боевые операции на железнодорожном транспорте, на промышленных объектах, в административных центрах и на шоссейных коммуникациях врага. Массовые переброски нашей агентуры через линию фронта, а также оставление ее в тылу противника на первом, тяжелом этапе Отечественной войны сыграли большую роль в развитии партизанского движения. Многие агенты в силу обстоятельств, не выполнив основного задания, ушли на нелегальное положение и стали в ряде случаев организаторами партизанских отрядов.
В начале 1942 года оперативной группой ныне Героя Советского Союза Ф. Озмителя был организован в Смоленской области партизанский отряд в количестве 90 человек под командованием старшего лейтенанта госбезопасности Н. И. Талерко. Комиссаром отряда стал председатель Руднянского райисполкома Евдоким Мельников, который погиб в октябре 1942 года.
В сентябре 1943 года в районе г. Рудня Смоленской области был организован другой отряд — под руководством «Максимова» — Степанцова Алексея Мироновича, которому удалось устроиться на работу в полицию и сформировать партизанский отряд. В нем было 30 бывших служащих РОА и 67 местных полицейских. Партизаны завербовали агента гестапо в г. Рудня и начальника полицейского отряда Руднянской полиции. Отряд при отступлении немцев проводил активные боевые действ; уничтожил четыре автомашины с немцами, одну штабную автомашину, семь немецких офицеров, захватил важные секретные документы и оружие. После освобождения Руднянского района от немцев Степанцов с группой в количестве пяти человек был направлен в Смоленск. В феврале 1944 года вступил и партизанский отряд, действовавший на территории Белоруссии. 26 июля 1944 года Степанцов погиб в бою с карателями.