Отрезвление было весьма жестоким. 3 марта моряки еще вели бои с немцами на равных. Советский генерал Александр Иванович Черепанов (1895–1984), участвовавший в боях под Псковом выборным командиром полка, писал: «Враг продолжал развивать наступление на Нарву. Одна колонна его войск продвигалась вдоль железной дороги, другая – севернее по шоссе. Части противника, наступавшие вдоль железной дороги, завязали встречный бой с подошедшим сводным краснофлотским отрядом (около 1000 человек) под командованием Дыбенко, поддерживавшимся огнем железнодорожной батареи в составе двух орудий. Бой шел с большим напряжением и ожесточением. Наши войска неоднократно переходили в контратаки. Матросы сражались геройски, но слабо обученные (наступали колоннами), они несли большие потери от огня противника, занимавшего командные высоты к востоку от ст. Вайвара (23 версты к западу от Нарвы. –
Надо отметить, что позицию у станции Вайвара Дыбенко выбрал умело: река, хотя и замерзшая, все же была препятствием для немцев, а открытое поле, по которому они вынуждены были наступать, позволяло морякам эффективно вести огонь. Напомним, что Дыбенко во время Гражданской войны успешно командовал дивизией Красной армии, так что тактическим глазомером он, несомненно, обладал.
Однако немцы имели серьезный военный опыт. Поняв, что «в лоб» оборону матросов не пробить, они быстро сманеврировали, обошли отряд Дыбенко с севера, сбив отряд нарвских красногвардейцев.
Черепанов отмечал: «Около 15 часов северная колонна немецких войск вышла к высотам в 5 километрах северо-западнее Нарвы, где была остановлена упорным сопротивлением красноармейских отрядов. Противник, потеряв в бою несколько десятков самокатчиков, подтянул артиллерию, но продвинуться дальше в этот день не смог. Было остановлено также наступление вражеской колонны, двигавшейся вдоль железной дороги».
Позднее возникли разногласия между Дыбенко и Парским, который упорно требовал от матросов наступления. Видя состояние своего отряда и явное превосходство противника, Дыбенко отказался его выполнять, обвинил бывшего царского генерала в том, что он специально поставил отряд в трудное положение, не обеспечив артиллерийской поддержкой. Вечером 3 марта Дыбенко отдал приказ об отступлении основных сил к Ямбургу. Позднее Парский писал: «…оставление Нарвы произошло преимущественно потому, что не было общего руководства и связи в действиях, оттого, что слабо или даже вовсе почти не подготовленные отряды водили в бой неумело и они несли излишние потери (больше других потерпели матросы); наконец, на настроение войск оказало, по-видимому, известное влияние и создавшееся тогда положение как бы между войной и миром, что волновало людей и способствовало уменьшению их стойкости». Бонч-Бруевич писал о том, что Дыбенко прислал издевательскую телеграмму: «Сдал командование его превосходительству генералу Парскому».
В наши дни довольно широко распространены рассказы о паническом бегстве отряда Дыбенко в Гатчину. Пятого марта в Гатчину действительно прибыли эшелоны с матросами и путиловцами-красногвардейцами из отряда Дыбенко, которые поддались паническим слухам об окружении немцами Ямбурга. Когда через несколько часов выяснилось, что в Ямбурге немцев нет, на митинге было принято решение вернуться назад. При этом звучали резкие обвинения в некомпетентности по адресу Дыбенко и его начальника штаба мичмана Павлова.
После возвращения из-под Нарвы положение Дыбенко резко изменилось. Он, видимо, окончательно потерял доверие Ленина. Более того, если раньше моряки могли рассчитывать на почтительное отношение к себе со стороны властей, поскольку были их лучшей вооруженной опорой, то теперь они перестали быть «волшебной палочкой» для решения любых задач, связанных с насилием. Место «гвардии революции» заняли латышские стрелки, отличавшиеся гораздо более крепкой дисциплиной, чем матросы. После событий под Нарвой «незамедлительно была создана следственная комиссия под председательством Николая Васильевича Крыленко (1885–1938), члена коллегии Наркомюста. Пока шло следствие, Дыбенко занимался текущими делами в Совнаркоме».
На VII съезде РКП(б) 7 марта Ленин, оценивая события под Петроградом, говорил, что «лучшие матросы и путиловцы, при всем своем великом энтузиазме, оказывались одни, когда получился неслыханный хаос, паника, заставившая войска добежать до Гатчины». Это было явным «камнем в огород» Дыбенко и его моряков.