Одновременно Дыбенко дал интервью независимой газете «Волжское слово». Он «подробно изложил корреспонденту ход военных действий под Нарвой, отметив, что все необходимое для задержания неприятеля было сделано, высказал свое мнение о демобилизации флота. Все обвинения в свой адрес он назвал абсурдом, подчеркнув, что арест его состоялся при странных обстоятельствах. 16 марта, в последний день работы IV Чрезвычайного съезда Советов, за полчаса до закрытия заседания его арестовали и в течение 48 часов держали в Кремле, пока отряд моряков не потребовал в ультимативной форме сведений о его местонахождении. Все случившееся, продолжал он, было покрыто тайной. Крыленко, начавший следствие, подбирал свидетелей, которые могли дать какие-либо улики. “Когда же тов. Юрин заявил протест о том, что следствие должно быть произведено не только над одним Дыбенко, но и еще кой над кем, кто занимал места и выше его, то тогда тов. Юрина постарались убрать из следственной комиссии”. В заключение разговора Дыбенко вновь повторил, что не намерен куда-либо скрываться и готов дать свои объяснения, но только не следственной комиссии, а свой отъезд из Москвы мотивировал “нежеланием сидеть без дела в тот момент, когда контрреволюционная волна еще продолжает бушевать на окраинах нашей республики”». Намек Юрина на «кое-кого повыше Дыбенко» метил прямо в Ленина – поскольку над народным комиссаром возвышалась лишь фигура председателя СНК. То, что Дыбенко с удовольствием повторил эту фразу, свидетельствует о его согласии со словами Юрина.
Неслучайно, что как раз в это время, 20 апреля, наркомвоенмор Троцкий издал приказ о роспуске всех матросских отрядов, которые были отправлены на сухопутный фронт. Таким образом был сделан очередной шаг к наведению порядка в военной сфере.
21 апреля заявления Дыбенко рассматривал Самарский губисполком. «В пространной речи он обрисовал весь тот произвол, который творится отдельными лицами под флагом Советской власти. Подробно рассказал историю своего ареста, подчеркнув, что он был вызван прежде всего политическими причинами, страхом Совнаркома перед разоблачениями. Арест произошел “тихонько” накануне предполагаемого им выступления на IV Всероссийском съезде Советов, где он собирался заявить о своем выходе из СНК и потребовать у него отчета о своей деятельности. Санкцию на арест давал, как он заявил, не СНК и не ВЦИК, а отдельные лица. Далее Дыбенко вновь повторил, что он готов в любое время подчиниться решению съезда или постановлению ВЦИК, явиться на суд народный, но следственной комиссии под председательством Крыленко – никогда. В заключение он сказал, что решил отправиться с отрядом матросов на Дутовский фронт».
Дыбенко совершенно не скрывал, что был освобожден из-под ареста под давлением вооруженного матросского отряда. Более того, он, вероятно, считал нормой такой стиль отношений между народным комиссаром и СНК. Он угрожал Совнаркому разоблачениями. Выступление Дыбенко в Самарском губисполкоме было полностью поддержано эсерами-максималистами, которые заявили о необходимости суда над всеми народными комиссарами. На вопрос меньшевика-интернационалиста Филиппа Яковлевича Рабиновича (1885–1937), «подчинится ли он решению губисполкома, если тот решит, что Дыбенко должен отправиться в распоряжение следственной комиссии», Дыбенко ответил: «В таком случае я подчиняюсь лишь силе».
Дыбенко превратился в неуправляемого политического лидера, что и решило его судьбу. Прежде всего следовало лишить Дыбенко и ему подобных вооруженной силы. 20 апреля 1918 г. газета «Рабочая и крестьянская Красная армия и флот» писала: «Окончательно решено в ближайшее время ликвидировать матросские отряды. На этом особенно настаивает морской комиссар Троцкий. Он представил доклад, в котором указывает, что флот реорганизуется на совершенно новых началах. Давно проведена демобилизация флота, а между тем по всей России существуют вооруженные группы матросов, считающие себя хозяевами флота и претендующие на руководство его судьбами. Помимо этого, под видом вооруженных матросов оперируют в настоящее время всевозможные преступные элементы. Некоторые меры ликвидации уже проводятся в настоящее время. У всех отрядов, не входящих в состав новой флотской организации, отбирается оружие. Отряды объявляются расформированными».
Остаются недостаточно проясненными обстоятельства того, почему Дыбенко прекратил сопротивление, как он был доставлен в Москву и как проходил суд над ним в 9–18 мая 1918 г., а также каково было его служебное положение в последующие несколько месяцев. Мы полагаем, что такой самобытный и энергичный человек, как Дыбенко, вряд ли подчинился добровольно.