Возникает вопрос: почему наркомом по военным и морским делам стал Троцкий, только что провалившийся в должности наркома иностранных дел – ведь именно он огласил на Брестских переговорах с немцами знаменитую формулу «ни мира, ни войны», которая позволила немцам перейти в наступление в конце февраля 1918 г.? Никакого отношения к армии он не имел, в отличие, скажем, от Антонова-Овсеенко, у которого было военное образование и чин подпоручика, или от прапорщика Крыленко, или от матроса Дыбенко. Ответ, возможно, в том, что Троцкий разделял позицию Ленина, сформировавшуюся во время отражения немецкого наступления: если советская республика хочет выжить, ей нужна Красная армия, построенная на традиционных принципах регулярности, дисциплины и субординации. Внедрить в жизнь какие-либо новые принципы организации войск не позволяло время. Идея добровольческой армии, идея добровольной дисциплины, идея выборного командного состава – эти благородные идеи просто требовали слишком много времени для реализации. Поскольку армию нужно было создать быстро и с чистого листа, никаких других принципов, кроме дисциплины, субординации и использования старого офицерства, применить было нельзя. И Троцкий полностью разделял эту позицию и был готов энергично работать в этом направлении, в отличие от Антонова-Овсеенко, Дыбенко или Крыленко.
Несмотря на то что он находился на поруках, 16 апреля Дыбенко прибыл с отрядом матросов в Самару. Вслед за ним полетела телеграмма с распоряжением о его аресте. 19 апреля эта телеграмма была опубликована в газетах. Это поставило самарские власти, и прежде всего председателя Самарского губкома РКП(б) Куйбышева, в очень тяжелое положение, поскольку арест Дыбенко мог произойти только после разоружения его отряда, а для этого не было сил. Дыбенко подал в Самарский губком протест против своего ареста, этот документ был напечатан в местных газетах, в частности в органе местных эсеров-максималистов «Трудовая республика». Дыбенко писал: «Ввиду того, что в местной прессе опубликована телеграмма особой следственной комиссии под председательством г. Крыленко о задержании и аресте бежавшего бывшего народного комиссара Дыбенко и доставлении его под усиленным конвоем в распоряжение следственной комиссии в гор. Москву, заявляю, что подобного рода телеграмма является злым вымыслом комиссии и в частности господина Крыленко, так как перед отъездом из г. Москвы мною было подано заявление в Центральный Исполнительный Комитет через тов. Юрина о том, что комиссия явно затягивает ведение следствия, подыскивая каких-то свидетелей, и из-за допроса 2 или 3 свидетелей в последний момент совершенно приостановила следствие. Я уезжаю из Москвы, причем обязуюсь явиться на суд и дать публично перед народом и своими избирателями точный отчет о своей деятельности. Причем мною было предъявлено требование к следственной комиссии дать гарантию, что все доносчики комиссары и вообще Совет Народных Комиссаров обязан дать перед народом отчет не в митинговой речи, а дать деловой и денежный отчет. Г[ражданин? Господин?]. же Крыленко, который ныне ведет следствие по явно вымышленному в отношении меня якобы тягчайшему преступлению и в оставлении гор. Нарвы, до сих пор, оставив пост Главковерха и Верхоглава, не дал перед страной отчет о своей деятельности и оставлении всего фронта, а потому заявляю, что подчиниться требованию комиссии под председательством г. Крыленко я отказываюсь, но явлюсь, никуда не скрываясь, дать отчет перед съездом и страной. Являться же на суд перед лицом тех, кто сам не дал отчета перед народом и страной о своей деятельности, считаю излишним и признаю только суд над собою съезда или же публичный перед своими избирателями и народом. Гор. Самара, апреля 19 дня 1918 года. П. Дыбенко».