В эти дни происходит поворот советского руководства в сторону «военспецов». 9 марта 1918 г. СНК принимает решение о создании комиссии военных специалистов в составе двух генералов и контр-адмирала Василия Михайловича Альтфатера (1883–1919) «для представления по возможности не позднее 15 марта […] плана организации военного центра для реорганизации армии и для создания мощной вооруженной силы на началах социалистической милиции и всеобщего вооружения рабочих и крестьян». По мнению историка М. А. Молодцыгина, план создания милиционной армии был дипломатическим камуфляжем, целью которого было убедить руководство Германии в том, что Россия не сможет создать серьезные вооруженные силы в ближайшем будущем. Необходимо отметить тот факт, что Альтфатер – единственный представитель флота в этой тройке. Кроме того, только Альтфатер сохранил верность советской власти, а оба его сотоварища по комиссии вскоре перешли на сторону белых. Это обстоятельство впоследствии должно было еще выше поднять авторитет адмирала в глазах руководителей Советской России.
На этом же заседании СНК был избран Временный исполнительный комитет СНК (Совет пяти народных комиссаров) для обеспечения непрерывной работы правительства. От большевиков в него вошли Ленин, Сталин и Троцкий. Там же было принято решение об отстранении от должности народного комиссара по военным делам Николая Ильича Подвойского (1880–1948), вместо него назначался Троцкий, освобожденный с поста наркома по иностранным делам. Должность Верховного главнокомандующего, которую занимал Крыленко, была упразднена. Очевидно, следующим должен был встать вопрос о Дыбенко как о наркоме по делам флота.
Несомненно, генералы и адмиралы, решившие сотрудничать с большевиками, хотели, чтобы идея революционной армии провалилась. Неудачные бои отряда Дыбенко под Нарвой в первых числах марта были для них очень кстати. Они дискредитировали и Дыбенко лично, и идею коллегиального руководства флотом, и идею революционной армии. Есть основания считать, что Михаил Дмитриевич Бонч-Бруевич и Дмитрий Павлович Парский сознательно усугубляли реальную вину Дыбенко в произошедшем фиаско, а его самого изображали человеком неуправляемым и недисциплинированным. В Совнаркоме полностью приняли или сделали вид, что приняли, трактовку Бонч-Бруевича и Парского, поскольку Дыбенко стал неудобной, неконтролируемой, слишком самостоятельной фигурой.
На наш взгляд, отъезд правительства из Петрограда в Москву 10 марта 1918 г. в значительной степени связан с желанием избавиться от крепких «объятий», в которых матросы держали советское правительство. Действительно, переезд правительства в Москву совпал с резким падением политической роли балтийских матросов. Правда, не следует забывать, что само решение о переезде было принято еще 26 февраля, в условиях продолжающегося немецкого наступления, когда судьба Петрограда была неясна.
Дыбенко не склонил голову перед неизбежным и не стал делать вид, что уходит добровольно. Он был исключен из партии на заседании ЦК 15 марта 1918 г. с формулировкой «заслушав сообщения о поведении Дыбенко под Нарвой, при проезде из Петрограда в Москву, пьянстве». Проступок Дыбенко «при проезде из Петрограда» заключался в том, что он 11 марта угрозами расстрела принудил железнодорожников организовать экстренный поезд, на котором они с Коллонтай выехали в Москву.
На другой день после исключения Дыбенко из партии, на IV съезде Советов должно было состояться голосование по вопросу о ратификации Брестского мира. Дыбенко был одним из подписавших «Декларацию группы коммунистов (большевиков), противников заключения мира». Видимо, с целью сорвать какую-то акцию Дыбенко на съезде, 16 марта он был арестован и на двое суток изолирован. Вскоре Дыбенко освободили, передав на поруки Коллонтай. В конце марта он пытался добиться разрешения выехать из Москвы, но не получил его.
6 апреля пост народного комиссара по морским делам занял Троцкий, назначенный наркомвоеном еще 14 марта. Он считал своевременной мобилизацию «всех необходимых сил, которые в настоящих тяжелых условиях могли бы сделать все, что возможно для спасения и реорганизации наших морских сил».