Первого августа 1670 г. Морган получил каперское свидетельство и снова отправился на сходку буканьеров у острова Ваш. К концу сентября к флотилии присоединилось не менее 38 судов и всего около двух тысяч людей. Двенадцатого декабря 1670 г. на борту флагманского корабля состоялся военный совет, и было решено напасть на Панаму. Неделю спустя корабли самой большой буканьерской флотилии, когда-либо существовавшей в Карибском море, направились к Сан-Лоренцо в устье реки Чагрес. Форт у входа в реку оказал яростное сопротивление, и захватить его удалось только с третьей попытки и ценой жизней множества людей. Только когда над зубчатыми стенами был поднят английский флаг, корабли смогли проплыть мимо стихнувших орудий и направиться вверх по реке. Пройдя несколько миль вверх по течению, буканьеры пересели в маленькие лодки и челноки, на которых преодолели еще несколько миль, а затем высадились на берег и продолжили путь пешком через джунгли.
Панама, расположенная на тихоокеанском побережье Центральной Америки, была важным «золотым» портом, поскольку туда привозили золото и серебро из Перу и Потоси. В городе жили около шести тысяч людей, большинство из которых были чернокожими рабами. Председатель городского совета (Аудиенсии) дон Хуан Перес всеми силами пытался укрепить защиту Панамы. Он позаботился о том, чтобы в городе был хороший запас оружия и боеприпасов, и сделал все возможное, чтобы увеличить численность гарнизона. Когда Морган и его люди вышли из джунглей на равнину перед Панамой, они увидели, что дон Хуан расставил войска поперек дороги, так, чтобы они закрывали проход к городу. Здесь было 1200 пехотинцев и около 400 всадников, но большинство из них были неопытными новобранцами и не могли соперничать с закаленными в боях буканьерами Моргана.
В семь часов утра 28 января 1671 г. Морган отдал своим людям приказ наступать. Они шли четырьмя эскадронами и несли красно-зеленые знамена, развевавшиеся на свежем ветру над равниной. Приблизившись к поджидающей испанской армии, Морган решил, что лобовая атака обойдется дорого и поэтому приказал одному из эскадронов отклониться в сторону и захватить холм справа от города. Пехотинцы и всадники дона Хуана решили, что буканьеры отступают, и бросились в атаку. Солдаты Моргана, увидев, что на них движется неорганизованная толпа людей и лошадей, не сдвинулись с места и принялись метко стрелять в приближающиеся орды. Всадников впереди убили французские стрелки в авангарде буканьерской армии, а уцелевшие развернули лошадей и поскакали обратно в Панаму. Пехота оказалась во власти сокрушительных ударов основных сил буканьеров, которые убили около сотни человек, а остальных обратили в бегство. Секретным оружием дона Хуана было два стада быков, которых чернокожие рабы выпустили навстречу врагам. Быки неуклюже ринулись на поле боя, но буканьеры их спугнули, и они сбежали обратно в город. Люди Моргана атаковали отступающую армию, рубя и рассекая себе путь к городу. К утру под тропическим солнцем лежало около пятисот мертвых и раненых. Буканьеры в этом бою потеряли всего 15 человек.
Дон Хуан позаботился о том, чтобы, если его войско битву проиграет, буканьеры остались ни с чем. Большую часть панамских сокровищ погрузили на корабли, еще когда люди Моргана пробирались через джунгли. Во многих домах поставили бочки с порохом, и капитану артиллерии приказали взорвать склад боеприпасов, если буканьеры войдут в город. Увидев на улицах убегающую армию дона Хуана, капитан поджег фитили. Последовавший за этим взрыв был слышан за шесть миль. Бочки с порохом тоже подожгли и, когда они взорвались, начался пожар, из-за которого большинство зданий вскоре сгорело дотла. Несколько часов в городе царила суматоха – взбешенные буканьеры бегали от дома к дому в поисках золота и ценностей, а чернокожие рабы сновали туда-сюда с горящими факелами, исполняя приказ дона Хуана и поджигая все деревянные здания. Когда наступила ночь, всю центральную часть города охватил огонь, а на утро оказалось, что пожар пережили только каменные здания: колокольня собора и несколько государственных учреждений.