В житии святого рассказывается, что в возрасте двенадцати лет с отроком произошел чудесный случай. Однажды мальчик расставлял в поле силки для ловли птиц. Он случайно уснул и во сне услышал голос: «Зачем, Алексий, ты напрасно трудишься? Я сделаю тебя ловцом человеков». Пробудившись, отрок очень удивился, но с этого времени задумался над своей жизнью и решил стать монахом. Он выучил грамоту и греческий язык, хорошо изучил Священное Писание. В двадцать лет он принял иноческий постриг в московском Богоявленском монастыре. В монашестве ему было дано имя, которое он слышал во сне – Алексий.
Двадцать лет провел Алексий в монастыре. Около 1333 года тогдашний русский митрополит Феогност привлек его к управлению Русской церковью. В 1340 году Алексий был поставлен митрополичьим наместником во Владимире, где он и пробыл двенадцать лет и три месяца.
В 1352 году Алексия возвели в сан епископа Владимирского. Тогда же великий князь и митрополит направили к константинопольскому патриарху грамоту с просьбой поставить Алексия в митрополиты Киевские и всея Руси после смерти митрополита Феогноста. Через год послы вернулись с положительным ответом. Но к этому времени великий князь Семен Иванович и митрополит Феогност уже умерли от эпидемии чумы. По завещанию великого князя Алексий был назначен советником его братьев Ивана Ивановича Красного, который стал великим князем, и Андрея Ивановича.
В 1353 году Алексий отправился в Константинополь, где провел около года в ожидании утверждения на митрополичьем столе. 30 июня 1354 года константинопольский патриарх Филофей утвердил Алексия в сане митрополита Русского.
На обратном пути из Константинополя корабль Алексия попал в жестокую бурю на Черном море. Алексий усердно молился и дал обет: если он спасется, то построит в Москве церковь. Буря прекратилась, и путешественники смогли достичь берега. А в 1360 году митрополит Алексий исполнил обет: на берегу реки Яузы он устроил храм и монастырь в честь Спаса Нерукотворного. В создании монастыря ему помогал ученик Сергия Радонежского Андроник, а монастырь по его имени с тех пор называется Спасо-Андрониковым.
Уже при жизни Алексий прославился как чудотворец. В 1357 году митрополит Алексий ездил в Орду по приглашению хана Джанибека. Дело в том, что ордынская царица Тайдула лишилась зрения и пожелала, чтобы Алексий исцелил ее. Житие митрополита рассказывает, что 18 августа, в день отъезда, в Москве случилось чудо: в Успенском соборе перед гробом святого митрополита Петра сама собой загорелась свеча. Алексий разделил свечу и одну часть ее раздал народу, а другую взял с собой. В Орде, возле больной царицы, он помолился и зажег привезенную из Москвы свечу. Затем окропил Тайдулу освященной водой – и та тотчас прозрела.
А в память о чудесном исцелении царицы Тайдулы в 1365 году митрополит Алексий заложил в московском Кремле монастырь во имя Чуда архистратига Михаила, бывшего в Хонех. Это монастырь, известный под именем Чудова монастыря.
Вскоре Алексию вновь пришлось ездить в Орду. Пришедший в результате переворота к власти хан Бердибек потребовал от русских князей огромной внеочередной дани. Митрополит постарался укротить ярость хана. До сего дня сохранился ярлык, выданный Бердибеком Алексию, подтверждающий освобождение Русской церкви от даней и поборов.
В начале 1359 года митрополит Алексий отправился в Киев, но был схвачен литовским князем Ольгердом. Ольгерд заключил Алексия под стражу, отнял все имущество и даже грозился убить. Однако Алексию удалось бежать. В Москву он вернулся в 1360 году.
Во время его отсутствия, в 1359 году, умер великий князь Иван Красный, завещав престол девятилетнему сыну Дмитрию Ивановичу. Опекуном над сыном он назначил митрополита Алексия. В течение последующих лет Алексий был фактическим руководителем московского правительства. Дмитрия Ивановича он воспитывал как смелого воина и мудрого политика, способного объединить русские земли и организовать отпор Орде.
В начале 1360-х годов митрополит Алексий сделал все, чтобы Дмитрию Ивановичу достался ярлык на великое княжение. Алексию удалось убедить нижегородско-суздальского князя Дмитрия Константиновича отказаться от претензий на великокняжеский стол. И в 1362 году Дмитрий Иванович стал великим князем. Позднее митрополит поддержал великого князя в его борьбе с Тверью.
Значительную роль сыграл митрополит Алексий в установлении духовного единства Руси. В этом отношении он особую роль придавал учреждению и распространению общежительских монастырей.