Бывал в монастыре и князь Д.М. Пожарский; у стен монастыря возглавляемое им войско разбило войско тушинского атамана Салькова. В 1614 г. по приказу царя Михаила Федоровича Романова разрушенный монастырь восстановили. В обитель часто приезжали государи и церковные иерархи, поэтому в ней были устроены специальные Государевы и Патриаршие палаты – такой чести удостаивались немногие монастыри. (Правда, это связано не только с историей монастыря, но и с тем, что поблизости, в селе Остров, находилась царская резиденция.) В течение двух столетий монастырь оставался постоянным местом великокняжеских и царских богомолий. Особенно часто бывал здесь царь Алексей Михайлович. Выполнял монастырь и роль тюрьмы, в него ссылали неугодных людей, в том числе священников и монахов. В 1662 г. здесь подвергали пыткам участников Медного бунта в Москве. В середине XVII в. (в 1666 г. и позже) в темнице монастыря томились враг патриарха Никона и глава старообрядцев и идеолог раскола в Русской православной церкви, писатель, знаменитый протопоп Аввакум Петрович (1620–1682) и два другие лидера старообрядцев – дьякон Федор и священник Никита Добрынин. В 20-е гг. XX в. в монастырь неоднократно приезжал патриарх Тихон (Василий Иванович Беллавин, 1865–1925 гг., патриарх с 1917 г., канонизирован).
Архитектурный ансамбль монастыря сложился в XVII–XVIII вв., но в 50—70-е гг. XIX в. его значительно перестроили. При участии художника-архитектора Ф.Г. Солнцева был создан грандиозный монастырский комплекс в ложнорусском стиле. В монастырском саду был даже фонтан со статуей Афродиты (чего не было ни в одном другом русском монастыре), были и пруды. В начале XX в. монастырь считался одной из самых цветущих русских пустыней. В нем жили 60 послушников и монахов. В 1920-х гг. монастырь был закрыт и разграблен, многие церковные ценности были национализированы. Главная святыня обители – явленный образ Николая Чудотворца с житием, созданный около 1380 г., сейчас находится в Государственной Третьяковской галерее. В конце 1920—1930-х гг. в монастыре размещалась трудовая колония для беспризорных детей – трудкоммуна им. Ф.Э. Дзержинского. Воспитанники этой колонии участвовали в строительстве ветки железной дороги от станции Панки до подмонастырской слободы, которую переименовали в поселок Дзержинского. Эта история легла в основу первого советского звукового фильма «Путевка в жизнь» (1931 г., режиссер Н. Экк). Позже поселок стал городом с тем же названием (следовало бы его изменить). В 1940 г. снесли Никольский собор. Но в 1960 г. часть монастырского комплекса перешла под охрану государства, в 1970 г. началась его реставрация, в 1991 г. возродился мужской монастырь. В 2000 г. монастырь, в котором жили 32 монаха, прославился своим хором. Монахи духовно окормляют больных в городской больнице г. Дзержинский (где в 1993 г. был открыт домовый больничный храм), а также курсантов Московского высшего общевойскового командного училища (находится около г. Дзержинский), где также открыт храм. В монастыре приняли крещение более 200 курсантов, солдат, офицеров и их детей. С 1993 г. священники служат молебны на присягах у солдат и курсантов.