Если во время испытаний первых лодок постройки завода № 196 XII серии их конструкция признавалась удачной, то позднее представители ВМФ изменили свое мнение на прямо противоположное, что вызвало протест со стороны народного комиссара судостроительной промышленности И.В.Тевосяна. 15 марта 1940 г. председатель Постоянно действующей комиссии по приемке кораблей и судов в Ленинграде капитан 1 ранга М.М.Долинин в своем письме наркому ВМФ адмиралу Н.Г.Кузнецову отмечал, что, несмотря на увеличение водоизмещения, лодки имели тот же состав вооружения и одновальную энергетическую установку, что и их предшественницы. По мнению М.М.Долинина, тактико-технические элементы малых подводных лодок можно было значительно улучшить, увеличив их водоизмещение на 30-40 т.
Мнение председателя комиссии отражало точку зрения руководства ВМФ, поскольку еще 23 июня 1939 г. Государственный Комитет Обороны (ГКО) утвердил эскизный проект № 96 малой подводной лодки, разработанный в ЦКБ-18 под руководством инженера Ф.Ф.Полушкина. Взяв за основу проект XII серии, конструктор предложил разместить цистерны главного балласта в бортовых булях, демонтируемых при транспортировке. Такое решение позволило установить на лодку двухвальную энергетическую установку и разместить в носовой части четыре торпедных аппарата. 31 марта 1940 г. на заводе № 196 заложили головную лодку С. 122 (с 25 сентября – М-200) XV серии. Закладка новых лодок XII серии не предусматривалась, вводу в строй подлежали только достраивающиеся подводные лодки.
На 22 июня 1941 г. в постройке на заводе № 112 находились 8 подводных лодок XII серии, из них 3 (М-119, М-121, М-122) были готовы к спуску на воду, а остальные находились на достроечной площадке с установленными главными механизмами. Война внесла свои коррективы: постановлением ГКО завод с 1 июля 1941 г. переводился на выпуск танков Т-34. Следующее постановление ГКО от 4 июля 1941 г. предписывало подводные лодки, имеющие высокую степень готовности, направить для достройки в Баку, а остальные – законсервировать. В конце октября 1941 г. М-121, спешно спущенная на воду, ушла своим ходом в Астрахань, М-119 из-за ледостава зазимовала в г.Камышин, я М-120 вернулась в затон завода.