Будучи товарищем министра финансов, в бытность С.Ю. Витте, он прекрасно помнил, как непросто протекала борьба за выделение пограничной стражи из Департамента таможенных сборов в Отдельный корпус. Тогда решающую роль сыграл сам Витте, сумевший убедить Александра III в необходимости завершить военное переустройство пограничной стражи. Теперь люди, малосведущие в делах охраны границы, руководствуясь сомнительными соображениями, пытались дезавуировать прежнее решение. И Коковцов в очередной раз поднялся на трибуну Таврического дворца, чтобы защитить пограничную стражу от несправедливых нападок. «В моем ответе, – сказал он, – я не буду касаться той части общих соображений, которая относится к общей организации стражи. Я коснусь только указаний, которые предусматривают возможность достигнуть более дешевого содержания стражи, при условии слияния заведывания ею с учреждениями таможенного ведомства. Я могу в настоящее время лишь заявить совершенно определенно, что эта цель недостижима, потому что организация стражи, как я указал, составлялась преемственно и совершенно закончена в 1893 году. Эта обособленность заведывания стражей на границе явилась результатом тех жизненных задач, которые привели к полной недопустимости заведывания стражей через посредство таможенных учреждений».
Касаясь заявления Бабянского о том, что вместо пограничной стражи на 15 млн рублей можно содержать пять дивизий, Коковцов выразил свое недоумение такой аргументацией: «Но позвольте спросить: а в мирное время эти пять дивизий могут охранять наши границы, могут они охранять те 290 млн рублей, почти 300 млн рублей таможенного дохода, которыми, смею надеяться, дорожит бюджетная комиссия? Я должен сказать решительно, – продолжал он, – что пограничная стража вполне отвечает целям охраны границы, вполне ограждает от проникновения контрабанды в сколько-нибудь значительной степени, и если бы пограничная стража этому действительно не отвечала, то мы бы присутствовали при массовом проникновении контрабанды, которого нет. Все данные указывают, что контрабанда есть, но это проникновение контрабанды не массовое, не валовое, не угрожающее нашему таможенному доходу. Я должен решительно заявить, что вывод о несоответствии пограничной стражи коренным задачам охраны границы против проникновения контрабанды неправилен, с этим выводом я, по крайней мере, решительно не согласен и должен самым усиленным образом против этого возражать». Государственная дума одобрительно отнеслась к выступлению министра финансов, поддержав его аплодисментами и утвердив представленную смету Отдельного корпуса пограничной стражи в постатейном чтении.
В одном оказался прав Бабянский, и с этим согласился министр финансов: пограничная стража не может эффективно действовать, не имея инструкции, регламентирующей ее службу. Коковцов понимал, что виновен в этом не только штаб Корпуса – отсутствие законодательной базы также тормозило разработку документа. А необходимость в нем действительно была. Различия в отправлениях служебных обязанностей вносили большую путаницу, мешали нормальной работе. Об этом все чаще писали офицеры, служившие на границе, однако дело двигалось медленно. Строгие распоряжения Шефа пограничной стражи хотя и активизировали работу штаба Корпуса, но все же не могли заметно ускорить весь процесс. Новизна многих проблем, отсутствие широкой законодательной базы, громоздкая система согласований и увязок с различными ведомствами, казалось, навсегда похоронят саму идею разработки регламентирующего документа. И когда в 1912 году Коковцову положили на стол «Инструкцию службы чинов Отдельного корпуса пограничной стражи», уже согласованную со всеми инстанциями, он облегченно вздохнул. Документ, сравнительно небольшой по объему, был разработан весьма тщательно. Он действительно представлял собой кодекс деятельности всех чинов пограничной стражи, от рядового до шефа, и был как раз таким, каким его ждали на границе.
Увеличение бюджетных средств сделало возможным улучшить медицинское обеспечение пограничников, залатать прорехи по оружейной части. В 1906 году Коковцов вводит в состав штаба Корпуса типографию. Это позволило начать выпуск журналов «Пограничник» для офицеров и «Страж» для нижних чинов. В Харбине начинает печататься журнал «Досуги заамурца», а в 1913 году в Санкт-Петербурге открывается Музей пограничной стражи. Появление в Корпусе собственной типографии во многом решило проблему сохранения секретности при разработке важных документов. Теперь они печатались на месте. Николай II, ревниво следивший за сохранением тайны в служебных делах, был весьма доволен.