Первоначально войсковое прикрытие приобретенных земель осуществляли регулярные войска и казаки. Однако эффективность такой охраны была низкой. Контрабандная деятельность, грабежи и насилия разбойничьих групп в приграничье имели гораздо больший масштаб, чем предполагали в Санкт-Петербурге. Кроме того, новые земли были мало исследованы и требовали более детального изучения. Оставались нерешенными и вопросы установления таможенного надзора.
По высочайшему соизволению императора Александра III 4 июня 1894 года в пограничные районы Средней Азии направляется группа офицеров пограничной стражи и чинов таможенного ведомства во главе с начальником Бессарабского таможенного округа генерал-майором Баевым. Группа проработала недолго: болезнь ее руководителя расстроила задуманные планы. Следующая экспедиция, под началом генерал-майора Усова, оказалась успешней. Было составлено подробное описание границ Бухарских владений, а также границы с Персией и Афганистаном; описаны размеры и характер торгового движения в Бухарском ханстве и Закаспийской области; подготовлены предложения по устройству таможенного и пограничного надзора. Выработанный проект был представлен на рассмотрение начальнику Закаспийской области генерал-лейтенанту А. Куропаткину и эмиру Бухарскому и получил с их стороны полное одобрение. Без особых проволочек принимается он и Государственным советом и становится основополагающим документом для строительства пограничной стражи среднеазиатского направления. Общая ее численность составила 319 солдат и 472 вольнонаемных джигита. Сформированные посты вошли в состав дистанций, подчиненных в пределах Закаспийской области и Бухары 9 офицерам.
Денежное содержание джигитам было определено в 240 рублей в год, что, однако, не отвечало насущным потребностям. На эти деньги джигит был обязан содержать и себя, и лошадь и возмещать потерю последней при различных обстоятельствах. Учитывая многочисленные жалобы, 1 января 1896 года царь постановляет увеличить содержание джигитам на 60 рублей и разрешить выдачу им 70 рублей дополнительно на приобретение лошадей. И все же заманить людей на «цареву службу» было крайне нелегко. Малочисленность стражи определила и плотность постов, которая составляла один на 90 верст! Контрабанда, грабежи караванов, нападения на жителей, угон скота продолжались, причем во все возрастающих масштабах. Требовалась принципиально новая организация охраны границы. 6 декабря 1896 года формируются две бригады Отдельного корпуса пограничной стражи: Закаспийская и Аму-Дарьинская, с местами дислокации соответственно в Асхабаде (Ашхабад) и Патта-Киссарах (Термез). До 1899 года, когда был сформирован VII пограничный округ, бригады подчинялись на общем основании начальникам Закаспийского и Туркестанского таможенных округов.
Формирование Закаспийской бригады закончилось только в 1897 году. Охраняемый участок растянулся на две с половиной тысячи верст, из которых на персидскую границу приходилось около 1100 верст, на афганскую – 400 и на Каспийское побережье – около 1000. Штабы отделов бригады были расквартированы в Красноводске, Кара-Кале, Каахке и Кушке.
На большинстве постов первого отдела по берегу Каспийского моря отсутствовала питьевая вода. Огромные двухсотведерные бочки доставляли на лодках из Персии за сотню верст. Жили стражники, как правило, в землянках с низкими потолками или же в душных саклях, порою же и вовсе в кибитках, в которых зимой было сыро и холодно, а летом черно от огромного количества насекомых. Помещения для лошадей устраивались под навесом, конюшни были большой редкостью. Своих бань в Закаспийской бригаде не было.
Основная служба солдат состояла в конвоировании транспортов, идущих из Персии и Афганистана и обратно. Конвой передвигался пешком иногда на расстояния до 50 верст. Днем и ночью выставлялись секреты, а по патрульным дорогам делались обходы. Преследования контрабандистов, случалось, продолжались по несколько суток. На важных участках выставлялись пикеты.
Служба пограничного стражника длилась 12 часов, служба же секретов – от сумерек до рассвета. Недостаток в людях приводил к большим перегрузкам как офицеров, так и солдат.
Усиление бригады тем не менее осуществлялось медленно. В 1909 году без увеличения штата был учрежден офицерский пост, затем из Бакинской бригады для охраны восточного побережья Каспийского моря переведен крейсер «Часовой». На несколько человек увеличился медицинский персонал. Однако сил для охраны столь огромного участка у бригады явно не хватало. Ситуации же возникали порой весьма сложные.
В ночь на 18 октября 1900 года командир Чаатлинского отряда ротмистр Панфилов задержал значительную партию контрабанды на сумму в 54 тысячи рублей. 6 января 1902 года в стычке с контрабандистами погибли ротмистр Яновский и вахмистр Жуков. Особенно сложно проходило задержание контрабандистов 15 апреля 1912 года.