Император согласился с преобразованием Департамента внешней торговли в Департамент таможенных сборов, куда организационно вошла и пограничная стража. С 1876 года пошлины на ввозимые в Россию товары стали взимать не в бумажных деньгах, а в золотой валюте. Курс же золотого рубля был в полтора раза выше курса кредитного рубля. Таким образом, несмотря на то что ставки таможенных пошлин официально не изменялись, практически они возросли на 50 процентов. Объяснялось это необходимостью повышения металлического фонда для платежей по иностранным займам. Эта мера стимулировала рост контрабандных операций на границе. По словам одного современника, «контрабанды было, хоть Терек запруживай».
Министр финансов Н.Х. Бунге докладывал царю, что для борьбы с контрабандой нужна более многочисленная пограничная стража. Царь соглашался ее увеличить, но постепенно, по мере накопления бюджетных средств. Еще в 1861 году он разрешил увеличить численность стражи на 1500 конных солдат и 30 офицеров. Примерно в таком же количестве она возросла и в 70-е годы. К концу царствования Александра II пограничная стража насчитывала 586 офицеров и 15 055 солдат при одном генерале. Вся она располагалась по европейской границе. Закавказская, азиатская и сибирская границы охранялись казаками и линейными батальонами.
В царствование Александра II особую тревогу вызывала контрабанда по берегу Балтийского моря. Товары шли из Пруссии и Финляндии. Это были в основном чай, сахар, табак, ром, спирт, игральные карты. Ввоз спиртных напитков был настолько значительным, что местные винокуренные заводы не выдерживали конкуренции и закрывались.
Пограничная стража была бессильна бороться с этой контрабандой, а береговая охрана была настолько малочисленной, что для контрабандистов никакой угрозы не представляла. Разрубить этот гордиев узел выпало на долю Александра II.
По его решению с 1 июля 1868 года в России была введена морская таможенная полоса, в которой всякое иностранное и отечественное судно могло быть подвергнуто досмотру. Глубина этой полосы определялась в три морских мили. Для осуществления таможенных функций в территориальных водах вводилась Балтийская таможенная флотилия. Суда для нее строились в основном на верфях Англии и были спущены на воду в 1873 году. Александр Николаевич их осматривал лично и остался доволен.
Служба флотилии оказалась весьма эффективной: контрабанды заметно поубавилось. Спустя десять лет, анализируя ее деятельность, Министерство финансов писало: «После десятилетней практики таможенной крейсерской флотилии Министерство финансов убедилось в совершенной пользе как вообще способа охранения морского побережья Балтийского моря и его заливов посредством двойственного надзора со стороны материка и моря, так и самой флотилии как учреждения, необходимость существования которого вытекает из тех условий, в которые поставлен таможенный надзор на берегах моря вообще, и в особенности на Балтийском море».
Границы России времен Александра II сильно изменились по сравнению с границами России Николая I. Они продвинулись на юг, далеко углубились на юго-восток и значительно расширились на востоке. По Аргунскому договору с Китаем (1857 год) и Пекинскому (1860 год) к России были присоединены Амурский и Уссурийский края. Таким образом, устье Амура оказалось под властью империи. В 1865 году был завоеван Туркестан. Генералы Черняев и Скобелев продолжали освоение Средней Азии, пробивая себе путь оружием. В 1859 году, после упорной борьбы с Шамилем, перешел в русские владения Восточный Кавказ, а спустя пять лет покорился и Западный.
Встал вопрос: как охранять новые пределы? Для создания новых бригад пограничной стражи нужны были средства, и немалые. К тому же в правительстве Александра II утвердилось мнение, что пограничные войска должны охранять лишь те границы, которые стабилизированы, то есть закреплены двусторонними договорами. На среднеазиатском направлении таких договоров еще не было. Александр II пошел по пути, уже проверенному его предшественниками. Он повелел на первых порах охранять границу линейными батальонами из действующей армии, а затем – казаками.
Да, казаки выручили снова. Они, уже в который раз, стали первопроходцами в присоединенных землях, упругим щитом России на ее далеких окраинах. Донское казачье войско направило пять своих полков на Кавказ. В Туркестане линейные батальоны постепенно заменялись сибирскими и семиреченскими казаками. Дальше же на восток свои кордоны и пикеты вдоль новой границы выставляли забайкальцы, амурские и уссурийские казаки. Следом за ними шли уже пограничники.