Поверхностность и некомпетентность в военных делах поражали Александра III. Он недоумевал, как нижние чины оказались «хорошо выправленными», ну а оценку знания уставов «в общем более или менее хорошо» без спазм в горле читать просто не мог. Начальнические суждения таможенных чиновников о вещах, в которых они не сведущи, вызывали у него раздражение и досаду. Такой управляющий, считал он, может деморализовать всю войсковую часть и подорвать уважение к начальству. Крестьянского мужика, взятого от сохи, можно дисциплинировать только строем. В этом вся суть воинской службы, и совсем не случайно на реорганизации управления пограничной стражей настаивал Военный министр П.С. Ванновский.
Как это часто бывает, военное ведомство, установив диагноз болезни пограничной стражи, забыло о том, что больного надо лечить. Министерство финансов тоже оказалось в стороне, так как возглавлявший его И.А. Вышнеградский сам тяжело заболел. Дело реорганизации пограничной стражи, кажется, безнадежно покрывалось пылью в затхлых чиновничьих кабинетах, все более погружаясь в небытие, повторяя участь многих других похороненных там документов. И так бы, наверное, и случилось, если бы в это время на российском политическом небосклоне не появилась яркая фигура С.Ю. Витте.
Кажется, сама судьба помогла ему завоевать доверие Александра III. Однажды на Киевском вокзале император стал невольным свидетелем разговора Витте, бывшего тогда управляющим юго-западными железными дорогами, с министром путей сообщения. Последний требовал, чтобы царский поезд тащили сразу два паровоза, так как царь «любит быструю езду». Витте не соглашался, опасаясь крушения состава из-за слабости железнодорожного пути. Министр продолжал настаивать, ссылаясь на свой опыт, и тогда твердый в своих суждениях Витте резко ответил: «Знаете, Ваше превосходительство, пускай делают другие, как хотят, а я Государю голову ломать не хочу, потому что кончится это тем, что Вы таким образом голову Государю сломаете».
Александр остался недоволен резкостью выражений Витте, но спустя два месяца он убедился в его правоте. В 1888 году у станции Борки под тяжестью царского поезда рельсы разошлись, вагоны опрокинулись, и вся семья императора лишь чудом уцелела. Вот тогда-то Александр и вспомнил о предупреждении грубоватого Витте, увидя в нем человека незаурядных способностей. В 1892 году он назначил его министром путей сообщения, а в августе того же года – министром финансов Российской империи.
В системе мер по экономическому возрождению России, разработанных Витте, пограничной страже отводилась весьма заметная роль. Она должна была защитить страну от контрабандного ввоза иностранных промышленных изделий, который был неизбежен в условиях введения охранительной таможенной политики. Вот почему Витте сразу же после вступления на пост министра финансов приступил к реформам в пограничной страже, осуществить которые ему было не трудно: Александр III ему полностью доверял.
Новый министр финансов начал с того, что созвал представителей таможенного ведомства и пограничников на особое совещание, которое должно было выработать предложения по реорганизации управления пограничной стражи, и прежде всего ее высшего звена. Открывая это совещание, Витте высказался за военное устройство пограничной стражи, при котором она «являлась бы исполнительным органом таможенного ведомства, но автономным внутри».
Мнения участников совещания разделились. Таможенники выступили против идеи Витте. Они считали, что «при всех переменах, постигающих пограничную стражу, идея нераздельности стражи с таможенным ведомством неизменно выражалась в подчинении ее в таможенном отношении власти начальников таможенных округов, как главных и ближайших руководителей таможенного дела в приграничном районе».
Что касается пограничников, то они полностью поддержали предложение Витте об автономности пограничной стражи. Один из их аргументов заключался в том, что «существующее объединение власти над таможенными учреждениями и пограничной стражей для дела пограничного надзора не только не полезно, но и прямо вредно, ибо начальник округа, естественно, склонен покрывать действия таможен и пограничной стражи, тогда как при разделении таможенного ведомства и пограничной стражи всякие злоупотребления и упущения не могут быть сокрыты уже из опасения, что об этом может сделаться известно другому, близко стоящему независимому ведомству».
В этой дискуссии таможенников с пограничниками Витте безоговорочно поддержал последних, ратовавших за выделение пограничной стражи из таможенного ведомства, так как считал, что «всякая сила, организованная на началах воинской службы, действует в России наиболее успешно». Предложения участников совещания легли в основу всеподданнейшего доклада о необходимости выделения пограничной стражи из Департамента таможенных сборов в отдельный корпус, который Витте представил императору 15 октября 1893 года.