В Орре не одна, а целых две злые организации. Первой нам попадается Команда Снагем, и главный герой Pokémon Colosseum Вес – один из ее бывших участников. По неизвестной причине он решает ополчиться против товарищей, так что игра начинается с саботажа логова Команды – ангара, укрытого в каньоне на востоке Орра. Вес оставляет взрывчатку, которая разрушает часть здания и повреждает массивную машину для перехвата, используемую для кражи покемонов. Герой пользуется суматохой и сбегает с портативной версией этой машины, чтобы выполнить свою миссию. Команду Снагем возглавляет Гонзап, мускулистый усатый великан, которого разыскивает полиция Пирита. Он злопамятен и неоднократно пытается заставить Веса заплатить за предательство. Незадолго до начала Pokémon Colosseum Команда Снагем объединилась с Теневой триадой и поставляла ей украденных покемонов, которых ученые триады превращали в теневых. В Pokémon XD Команда Снагем до сих пор жива: Гонзап остается у власти, но у него не выходит ни привлечь новых рекрутов, ни восстановить убежище. Его прислужникам удается украсть машину для перехвата у Майкла, и тот должен столкнуться с Гонзапом, чтобы ее вернуть. После поражения лидер Команды Снагем решает объединить усилия с Майклом, надеясь победить Теневую триаду и стать главой единственной злой организации Орра. Так бывшие союзные банды становятся соперниками.
Теневая триада, несомненно, важнее в Орре, чем Команда Снагем: ее члены более многочисленны и могущественны, а методы еще безумнее. Команда Снагем действует как небольшая шайка, в то время как Теневая триада следует устоявшейся иерархии. Пока лидер управляет войсками из теней, скрывая свою личность, саму работу выполняют четыре помощника. Сперва мы встречаем Эйна – ученого, который исследует темных покемонов в глубине секретной лаборатории организации. Второй помощник главы Теневой триады, особо ценимая в Орре телеведущая Антеа, использует свой имидж и популярность, чтобы держать под контролем Подземный город. Следующий по счету – интригующий Мирор Б. с афропрической и одеждой в цветах покебола; он занимается распределением бедных темных покемонов. Последний – здоровяк Даким, который возглавлял атаку на тренеров на горе Битв. Теневая триада действует крайне жестко: например, в Агате ее приспешники пытались уничтожить очищающий темных покемонов камень Реликвии. В конце Pokémon Colosseum мы обнаруживаем, что штаб-квартира Теневой триады находится в Башне Реалгам. Там мы наконец сталкиваемся с пугающим Наскуром, который представляется лидером организации и вызывает нас на захватывающий бой без фоновой музыки. Однако как только Вес побеждает Наскура, раскрывается личность истинного лидера Теневой триады: это Эвис, которого игрок встречал ранее в сюжете в образе добродушного мэра Фенака по имени Эс Кейд. Позиция на верхушке была лишь ловким прикрытием для Эвиса, пока он дергал за ниточки в тени. После поражения на вершине башни Реалгам Эвис пытается бежать, но легендарный покемон Хо-ох уничтожает его вертолет, так что полиции удается его задержать и посадить в тюрьму.
Pokémon XD поражает неожиданным поворотом: Теневая триада еще существует, и оказывается, что Эвис не был ее настоящим лидером. Раз организация все еще стоит на ногах, несмотря на арест зачинщиков, значит, среди ее членов произошла перестройка. Все администраторы, кроме Мирора Б., исчезли из поля зрения, а сам он отошел от прежней деятельности, стал кочевником и пытается собрать собственную команду. Поэтому на вакантные должности пришли новые приспешники. Энергичная Ловрина сменяет Эйна на посту главы научной группы, нацеленной создать покемона, не поддающегося очистке. Снаттл приходит к должности губернатора региона и старается укрепить власть, а Гориган возглавляет фабрику теневых покемонов на северо-востоке Орра, именуемую главным убежищем Сайфер. Новая команда подчиняется истинному лидеру Теневой триады. Им является миллиардер Гривел, который подобно Эвису имеет альтер-эго и притворяется богатым покровителем из порта Гейтона, мистером Веричем. Два его сына, Ардос и Элдес, служат ему телохранителями. Оперативная база Теневой триады расположена вдали от берега на вулканическом острове Цитадарке, куда нас может перенести робот-Кайогр, изобретенный доктором Каминко. После поражения Гривела Теневая триада окончательно выходит из игры.
Stadium, но проще