В игре все та же система: игроку предлагается выполнять миссии, спасать покемонов и приносить им различные предметы. В первую очередь он должен найти шестеренки времени – пять могущественных артефактов, вокруг которых разворачивается сюжет новых частей. Шестеренки управляют временем в мире покемонов, но исчезают одна за другой, препятствуя его течению в пораженных регионах. Члены гильдии отправляются на поиски вора – неуловимого Гровайла, который постоянно оказывается на шаг впереди. Однако герой наделен постепенно развивающимся даром, «Пространственным криком», который позволяет видеть прошлое и будущее и с помощью этого выслеживать цель. В итоге вора удается поймать, а шестеренки времени – вернуть на место. Тогда известный исследователь Даскнуар раскрывает тайну: они с Гровайлом прибыли из будущего, чтобы остановить вора. В надежде навести порядок он решает вернуться в свое время – из-за пространственной ошибки в компании Гровайла.
Когда разлом почти закрывается, Даскнуар вдруг хватает героя и его напарника. Их уносит в будущее, и они просыпаются в тюрьме, за решеткой. Гровайлу удается отвлечь команду злодеев и бежать в компании героя с партнером. Он объясняет: пусть шестеренки времени и вернулись, время до сих пор стоит на месте. Наконец мы узнаем правду: во всем виноват Диалга, потерявший контроль над временем после разрушения Башни во временной линии, из которой происходит герой. Легендарный покемон впал в ярость и стал первобытным Диалгой. Чтобы спасти Башню времени от разрушения и задобрить Диалгу, герой с Гровайлом пытаются найти Селеби и вернуться в прошлое. Но когда мифический покемон уводит их во временной проход, перед ними вновь появляется Даскнуар с подручными – Сэбалаем и Диалгой – и преграждает им путь. Тогда раскрывается тайна личности героя: в человеческой форме он был партнером Гровайла в его первом путешествии во времени. Едва узнав новость, мы переносимся во время Гильдии Вигглитафа.
Наша цель – вернуть шестеренки времени не туда, где их нашли, а в Башню времени, которую хранит Диалга. Даскнуар вновь пытается остановить исследователей, но им удается избавиться от него благодаря самоотверженности Гровайла. Затем они сталкиваются с первобытным Диалгой в Башне времени. Одолев противников, герой с напарником возвращают шестеренки времени на место. Тогда хозяин времени приходит в себя и спешит вернуть все на круги своя. На обратном пути напарник беспомощно наблюдает, как исчезает его друг-герой, когда ход времени восстанавливается. Он в одиночестве возвращается в Гильдию Вигглитафа и рассказывает всем о том, как жертвы героя и Гровайла спасли их мир. Диалга чувствует горе напарника с вершины Башни и решает вернуть героя к жизни. В ходе финального квеста с участием Палкии – легендарного покемона, контролирующего космос, – мы обнаруживаем, что за всем этим стоит Даркрай, собравшийся стать правителем погруженного во тьму мира покемонов. Именно он виноват в разрушении Башни времени.
В апреле 2009-го, спустя почти два года после релиза Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Shadow и Explorers of Time, в Японии вышла Explorers of Sky – третья версия с небольшими нововведениями (совсем как Pokémon Platinum, дополнившая версии Pearl и Diamond). Герой может принять форму новых покемонов в начале приключения: Вульпикса, Иви, Фанпи, Шинкса и Риолу. Вдобавок к улучшившим геймплей функциям и нюансам сценария в игру добавили Шеймина, который отсутствовал в первых двух версиях. Также появляются новые подземелья, в том числе ужасная Башня судьбы с 99 этажами, и квесты с участием разных второстепенных персонажей. Один из них – «Особо одаренный Игглибафф», в котором появляется Вигглитаф в своей юной форме. Несмотря на нововведения, игра очень близка к предшественницам.
Вскоре серия Pokémon Mystery Dungeon подступила к домашней приставке Wii. В августе 2009-го в Японии вышел третий эпизод саги в трех разных версиях: Keep Going! Blazing Adventure Squad! Let’s Go! Stormy Adventure Squad! и Go For It! Light Adventure Squad! Они были доступны в онлайн-магазине приставки и предлагали эксклюзивный набор из сотни покемонов, а также штабы и пятнадцать подземелий с разной графикой в каждой из версий. В остальном приключение идентично прежним. Однако теперь в роли героя выступает уже не человек с амнезией, ставший покемоном, да и проходить тест личности в начале не придется: вы сами выбираете, за какое существо будете играть, из девяти вариантов каждой версии. В Keep Going! Blazing Adventure Squad! в первую очередь представлены покемоны огненного типа; Let's Go! Stormy Adventure Squad! отдает предпочтение водному, а Go For It! Light Adventure Squad! ориентирован на электрический.