Как и основная сага, спин-офф Pokémon Mystery Dungeon вышел в Японии в ноябре 2005 года в двух разных версиях с ностальгическими названиями Red Rescue Team и Blue Rescue Team. Обмен покемонами здесь ни при чем: версия Red предназначена для Game Boy Advance, а синяя – для Nintendo DS. По сути, это та же самая игра, в том числе и на уровне технической реализации (хотя в Blue благодаря двойному экрану DS улучшается эргономика). Сюжет разворачивается в мире, населенном только покемонами. Там игрок выступает в роли человека, превратившегося в одного из карманных монстров. Герою выпадет образ одного из шестнадцати различных покемонов в зависимости от его пола и ответов на вопросы в начале игры. Среди игровых персонажей можно отметить стартеров первых трех поколений (единственных присутствующих в приключении), а также Пикачу, Мяута, Иви и Скитти.
Молодой герой преображается по неведомой ему причине и забывает, кем он был в человеческой форме. Он отправляется в невероятное приключение по миру покемонов, пораженному стихийными бедствиями. На пути он встречает покемона, который становится его партнером и предлагает учредить спасательную команду, чтобы помогать потерянным и пойманным в ловушку существам. Выполняя одну миссию за другой и спасая покемонов, герой узнает о пророчестве. Когда-то одному человеку захотелось украсть хвост Найнтейлса, и тот попытался его проклясть, чтобы защититься. Тут вмешался отважный Гардевуар, намеренный спасти человека. Вскоре Найнтейлс предложил человеку пожертвовать собой, чтобы спасти Гардевуара, но он отказался. Разъяренный Найнтейлс произнес пророчество: «Однажды этот эгоист переродится в покемона, и баланс мира будет нарушен». Услышав об этом, злой Генгар, глава спасательной команды-конкурента, распространяет слух, что герой – тот самый человек из печальной истории. Игрок должен пройти через огонь, воду и медные трубы, чтобы доказать, что он не тот, кем кажется.
Как раскрывается позже, землетрясения, бушующие все это время в регионе, связаны с пробуждением Граудона – легендарного покемона, ответственного за создание континентов. Благодаря силам Гардевуара герой наконец узнает, что он человек, который согласился превратиться в покемона и спасти мир. Он решил лишиться воспоминаний, чтобы успешно выполнить миссию, и после этого намеревался вернуться к прежней жизни. Однако, когда Хату объявляет о приближении угрожающего всему региону метеорита, он без колебаний принимает судьбу и отправляется на поиски легендарного повелителя небес Рейквазы, чтобы устранить угрозу. Уничтожив метеорит, герой прощается с друзьями и наконец возвращается в свой мир, забыв об этом приключении и оставив позади множество приунывших покемонов. Но этим дело не кончилось! Герой возвращается в Страну покемонов, где появляются новые подземелья с новыми миссиями и существами для поимки. Pokémon Mystery Dungeon: Red Rescue Team и Blue Rescue Team – первые игры, в которых мы понимаем язык покемонов и к тому же можем управлять самим существом, а не отдавать ему приказы (не считая мини-игр Pokémon Stadium). Полностью погрузившись в мир карманных монстров, мы осознаем, как важна для них дружба: покемоны всегда готовы помогать и заводить новых приятелей, даже если между ними возникает соперничество.
В сентябре 2007 года в Японии вышла вторая часть серии Pokémon Mystery Dungeon, доступная в двух версиях – Explorers of Darkness и Explorers of Time. В отличие от предыдущих эпизодов, этот доступен только на Nintendo DS. Различия между Explorers of Shadow и Explorers of Time минимальны: существование двух версий даже кажется неоправданным. Там можно встретить покемонов первых четырех поколений за исключением Шеймина и Аркеуса, которые на тот момент еще не были официально представлены публике. Игрок вновь проходит небольшой тест личности, чтобы определить подходящего его духу покемона. Среди вариантов шестнадцать существ: три стартера первых четырех поколений, а также Пикачу, Мяут, Скитти и Манчлакс. Мы вновь играем за человека, который стал покемоном и потерял память. В этот раз он присоединяется не к спасателям, а к исследовательской команде в Гильдии Вигглитафа.