В окрестности церкви Св. Климента в XVII в. произошло событие, решительным образом повлиявшее на историю Москвы и всего Московского государства. Здесь 24 августа 1612 г. русское ополчение Минина и Пожарского штурмом захватило острог-крепость, где засели войска польско-литовских интервентов. Это был поворотный момент борьбы ополчения с интервенцией. После поражения у Климентовского острожка войска Хоткевича отступили к церкви Св. Екатерины на Большой Ордынке, где у них стоял обоз с продовольствием и оружием для осажденных в Кремле интервентов.
Особенно богат достопримечательностями в Замоскворечье небольшой, всего в 218 метров, Черниговский переулок. В самом начале его на углу с Пятницкой поднимается изящная колокольня. Она принадлежит церкви Иоанна Предтечи, здание которой находится в глубине переулка, с правой стороны (№ 4). Возможно, что здесь, на дороге с юго-востока к Московскому Кремлю, был небольшой монастырь, который упоминается в 1415 г. в летописном рассказе о рождении великого князя Василия III: «Егда прииде день той, в он же родитися ему, начат мати его [София Палеолог] велми изнемогати, яко и к смерти приближитися ей». Послали тогда, не надеясь на повивальных бабок, за известным старцем: «Бе же в то время некий старец свят в монастыри святаго Иоанна Предтечи под бором, за рекою Москвою, знаем же бе и великым князем, к нему же и посла…» Он ответил посланцу: иди к великому князю и скажи ему, чтобы он не скорбел о своей княгине — «здрава будет и родит тебе в вечер сий cына, наследника тебе». И летописец заключил: «Еже и бысть».
Возможно, этот монастырь позднее был перенесен на Ивановскую горку (улица Забелина), а его первая церковь стала обычной приходской здесь. Ее одну из первых перестроил в камне знаменитый итальянский зодчий Алевиз Фрязин по указу Василия III 1514 г.: «Заложены быша церкви каменны делати в Москве. Тое же весны благоверный и христолюбивый князь великий Василей Иванович всея Pycии со многим желанием и верою повеле заложити и делати церквы каменыя и кирпичныя на Москве: …да за рекою церьковь Иванна Крестителя Усекновение честныа главы, иже зовется под Бором». Ее освятили 29 августа 1515 г.
От алевизовской постройки, однако, почти ничего не осталось, за исключением, возможно, деталей белокаменного подклета. Над ним во второй половине XVII в. (в 1658 г.?) выстроен существующий храм, а в середине следующего столетия тщанием одного из прихожан — купца Федора Замятнина — построили трапезную и колокольню (строительство последней затянулось до 1780-х гг.). Важно отметить, что колокольня Предтеченской церкви была намеренно поставлена довольно далеко от собственно церкви, ее выдвинули на линию Пятницкой улицы, отмечая таким образом важную градостроительную роль вертикали в панораме всей улицы.
Через переулок, на углу Пятницкой, невидное двухэтажное длинное здание, первый этаж которого занят магазинами, а на углу его сохранилась еще фирменная керамическая отделка известной в Москве молочной фирмы Чичкина. В середине XVIII в. здесь была обширная купеческая усадьба, самое старое здание которой, относящееся к XVII столетию, находится во дворе.
Напротив церкви Иоанна Предтечи — еще один архитектурный памятник — церковь, основанная на месте встречи 14 января 1578 г. мощей черниговского князя Михаила и его ближнего боярина Федора, убитых в ставке Батыя в 1246 г. и позднее причисленных к лику святых. Самое раннее документальное известие относится к 1613 г. (тогда в «Расходной книге денежной казны» была сделана запись о покупках для этой церкви). Существующее здание выстроила своим тщанием купеческая вдова Иулиания Малютина в 1675 г. Обе церкви и прилегающие к ним постройки тщательно отреставрированы в 1984 г. и составляют редкий по своей живописности ансамбль, который приобретает еще большую выразительность при сопоставлении его с высоким доходным домом (№ 4, 1913 г., архитектор К.А. Дулин), на заднем плане в изломе переулка. С ним соседствует здание, надстроенное в 1904 г. (№ 6), — его нижние два этажа относятся, возможно, к началу XIX в., остатки декора того времени видны на дворовом фасаде.
Еще один значительный памятник архитектуры скрывается в глубине застройки за домом № 9/13 (1906 г., архитектор В.В. Шервуд). Протяженное двухэтажное здание на высоком подклете поставлено перпендикулярно Большой Ордынке. Его сильно выступающий ризалит, украшенный шестиколонным портиком, пристроен к нему, вероятно, в 1820-х гг. Псевдобарочный декор относится ко второй половине XIX в., но само здание значительно старше. Еще в 1920-х гг. московские краеведы в обществе «Старая Москва» заметили и описали «прекрасную одностолпную палату» в правой, западной части этого здания, которое они отнесли «к началу XVII или даже концу XVI века».