Деятельность органов ВЧК сыграла особую негативную роль в судьбе многих польских военнопленных. На освобожденных от иностранных легионеров и «белых» войск территориях Сибири органы ЧК выполняли охранную функцию, производство следствия по контрреволюционным делам и имели право вынесения приговора к принудительным работам сроком до 5-ти лет без суда [13, л. 16]. В задачи ЧК также входило предотвращение отъезда на родину идеологических оппонентов, чьи действия могли навредить мировой революции в Европе. Все это давало карт-бланш для репрессивной деятельности структур ЧК в отношении военнопленных 5-й польской дивизии после капитуляции и до момента их регистрации и реэвакуации на родину. Польская делегация в составе Смешанной комиссии по репатриации в Сибири прилагала усилия, чтобы установить местонахождение военнопленных, арестованных ЧК и заключенных в тюрьму, добиться их выдачи польской стороне вместе с материалами заведенного на них дела и пр. [20]. В настоящее время мы не располагаем материалами статистки о польских военнопленных, репрессированных ЧК.
Нельзя не согласиться с мнением историков, которые утверждают, что часть военнопленных не смогли вернуться в Польшу из-за действий ЧК. Однако, по мнению автора, репрессии в отношении польских военнопленных не отличались от репрессий в отношении других групп, отвечавших признакам «классового врага» (дворянство, интеллигенция, духовенство). Созданная в 1917 г. правительством большевиков для борьбы с контрреволюцией ВЧК в период Гражданской войны превратилась в могущественный репрессивный аппарат и не собиралась отказываться от своих неограниченных полномочий даже тогда, когда на исходе Гражданской войны в стране начал утверждаться режим мирного времени. В 1920–1921 гг. в Енисейской губернии сложилась ситуация, когда губчека игнорировала распоряжения из центральных и местных советских органов. На заседании Енисейского Губревкома 16 июня 1920 г. рассматривался вопрос о сложных отношениях губчека с революционным трибуналом и карательным подотделом. В частности, говорилось о том, что по вине ЧК в губернии не выполняется Постановление ВЦИК о первомайской амнистии 1920 г., которая должна была «разгрузить» тюрьмы. По утверждению руководителя карательного подотдела «[…] Чрезвычайная комиссия до сих пор отказывается дать нам своего представителя в Комиссию по разгрузке (тюрем: Р.О) под тем предлогом, что у Губчека дел, подлежащих амнистии, будто бы совершенно не имеется […]». Предъявлялись и другие претензии: «[…] Чрезвычайная Комиссия отказывается исполнять прямые задания Центра […]»; «[•] наша Губчека с распоряжениями Губревкома считаться, по видимому, не желает […]»; «[…] атмосфера в Чрезвычайной Комиссии создалась весьма тяжелая […]»; «[…] в Председателе Губчека желательно было бы видеть человека, проводящего дух центра; у нас же этого пока не наблюдается […]» [13, л. 15 об.-16 об.]. Нежелание считаться с установками и распоряжениями органов государственной власти и неподконтрольность репрессивного аппарата ЧК становилось угрозой как в целом для общества, которое переходило от состояния войны к миру, так и для советской власти. В феврале 1922 г. ВЧК была упразднена.