Заметки Достоевского к «Двойнику» в его записных книжках можно разбить на две группы. Одна из них — это планы новых ситуаций и эпизодов, связанных с основной сюжетной линией повести — неудачным сватовством героя к Кларе Олсуфьевне и превращением Голядкина-младшего из его мнимого друга в предателя и врага, издевающегося над ним и выбалтывающего те робкие, затаенные признания и мечты, которые герой доверил ему при первом посещении гостем его дома (сюда относятся обещание младшего Голядкина помогать старшему в борьбе за руку Клары Олсуфьевны, их «пети жё», «мечты» и сентиментальные признания, разговоры героя с Петрушкой, дуэль с генералом и поручиком, на которой Голядкин-младший выступает в роли секунданта и замещает старшего, и т. д.). Другая группа эпизодов переносит действие на общественную арену и насыщает его злободневными мотивами. Вложенные в первой редакции повести в уста старшего Голядкина мысли об отношении к начальникам как к «отцам» и «благодетелям» Достоевский теперь хочет передать младшему Голядкину, превращая их в одно из орудий психологического «соблазна» в его устах. В то же время, характеризуя эти мысли иронически как «анатомию всех русских отношений к начальству», Достоевский собирается, по-видимому, значительно шире развернуть анализ этих отношений. В числе сцен, намеченных для новой редакции, имеются сцены вступления героя в «прогрессисты», его появления «в высшем обществе» и на собрании у Петрашевского, где младший Голядкин выступает с речью о «системе Фурье», а затем играет роль доносчика. В соответствии с этим для сцены признаний старшего Голядкина младшему намечается новый поворот: «Мечты сделаться Наполеоном, Периклом, предводителем русского восстания». В числе других психологических «соблазнов», которые смущают Голядкина, упоминаются естественные науки и связанный с ними атеизм («кислород и водород»). Наконец, Голядкина в результате наветов его вероломного друга обвиняют в том, что он «Гарибальди», и это побуждает его «справляться о Гарибальди в разных министерствах». В последних из приведенных записей отчетливо отражены характерные черты мировоззрения и творческой манеры Достоевского уже не 1840-х, а 1860-х годов — замысел его обрастает полемическими аллюзиями, насыщаясь мотивами полемики с «нигилизмом» и атеизмом.